В 1604 г. согласно мирному договору между Францией и Османской империей католикам даровалась полная свобода передвижения и совершения религиозных обрядов на территории Палестины. Латинские монахи сразу стали скупать палестинские земли и всячески добиваться святынь, находившихся во владении православных. После долгих судебных разбирательств в 1634 г. тремя указами султан положил конец спорам о Святых Местах. Греки получили преимущество перед армянами и католиками в храме Гроба Господня; латинянам под страхом смерти запрещалось притеснять греков в храме Гроба Господня; все незаконно захваченные католиками святыни Палестины должны были быть немедленно переданы Православной Церкви Иерусалима. В том же году храмы Гроба Господня и Вифлеемский с пещерой Рождества Христова, как и другие святыни, были возвращены православным.
Это не означало окончания борьбы за палестинские святыни, борьба продолжалась. Делать это было особенно трудно, ибо к этому времени Патриархат находился в великой нужде и неоплатных долгах. Часто на дела Иерусалимской Церкви пытались влиять через Константинопольского Патриарха, от которого в этот период очень сильно зависел Патриархат Иерусалимский. Не имея большой паствы и постоянных доходов, предстоятели Святоградской Церкви были вынуждены искать финансовой помощи у других православных Церквей и государств, в основном, у России.
Католики в борьбе за обладание святынями прибегали к таким методам, как подкупы судей, скупка у мусульман долгов Патриархата. Положение было трагическим. За отсутствием средств Вифлеемский храм был на грани разрухи, а обители грузинских монахов вот-вот могли перейти в руки францисканцев. Во время правления Патриарха Досифея II (1669–1707) борьба за святыни разгорелась с новой силой. Патриарху путем создания нового органа управления делами Патриархата — «Совета Старейшин» — удалось поправить финансовое положение и оплатить долги, начать восстановление Вифлеемского храма. Но в связи с неудачной для Турции войной против Австрии, Франции и Венеции положение вещей в Палестине стало меняться. Франция и Австрия требовали передачи всех палестинских святынь католическим монахам. Россия, со своей стороны, выступала как защитница Православия на Востоке и требовала передачи Святых Мест православным.
В 1757 г. султан Осман III издал пространный указ, в котором подробно излагалась история Святых Мест и проистекавшее из нее право на владение ими Православной Церкви Иерусалима. Православным было передано все незаконно отнятое католиками в храме Воскресения, Гефсиманский храм, Вифлеемский и другие святыни, которые начали активно восстанавливать. Период до конца XVIII ст. ознаменовался расцветом былого величия и великолепия Иерусалимского Патриархата. К сожалению, вторжение войск Наполеона в Палестину прервало его и принесло большие разрушения. В 1808 армянами был сожжен храм Гроба Господня, восстановленный в 1810 г.
К 1821 г. отношения православных греков Палестины и турецких властей начали быстро ухудшаться. Греков все чаще обвиняли в шпионаже в пользу России, открыто преследовали. Братство Святого Гроба Господня турецкие власти все больше воспринимали как политическую организацию, арестовывали и пытали ее членов. Восстановление сгоревшего храма Воскресения привело к непомерным расходам и новым огромным долгам. Святому Граду в это время помогал весь православный мир.
XIX в. отмечен особым развитием прозелитизма католиков и протестантов в Палестине. В 1847 г. папа Пий IX вновь открыл там Латинский Иерусалимский Патриархат. В 1839 г. в Иерусалиме была открыта Англиканская миссия.
Конфликт за Святые Места с новой силой разгорелся в 40-е годы XIX в. По новому положению 1852 г. Святой Гроб Господень остался в ведении православных греков, а базилика Рождества в Вифлееме переходила к католикам.
До 40-х годов XIX в. избрание Иерусалимских Патриархов находилось в руках Константинополя. С этого времени началось возрождение Церкви, особенно при Патриархе Кирилле II (1845–1872), стороннике автокефалии Болгарской Церкви, который в 1853 г. основал богословскую школу Святого Креста. С 1847 г. в Иерусалиме действовала русская Духовная миссия, которая способствовала не только паломничеству русских людей в Святую Землю, но и активно помогала Иерусалимской Церкви, создавая школы и приюты для православных арабов. Основателями и первыми деятелями этой миссии стали епископ Порфирий (Успенский) и архимандрит Антонин (Капустин), оба известные ученые-историки. С 1882 г. действовало Православное Палестинское Общество, созданное с теми же целями. В России постоянно проводился сбор средств для оказания материальной помощи Иерусалимской Церкви.
В 1948 г., после ухода из Палестины английских войск, по решению ООН Святая Земля была разделена на Иорданию и Израиль, что стало новым источником напряженности в этом крае. Многочисленные арабо-израильские конфликты, терроризм, — все это делает церковное служение Иерусалимской Церкви очень сложным. Патриархия издавна и не раз подвергалась погромам.