В первые дни после гибели Александра II К.П. Победоносцев употребляет всё своё влияние на нового государя для того, чтобы не допустить конституционного пути развития России, которое предусматривалось проектом министра внутренних дел М.Т. Лорис-Меликова.
Уже 1 марта он писал вступившему на престол Александру III: «Вам достаётся Россия смятенная, расшатанная, сбитая с толку, жаждущая, чтобы её повели твёрдою рукою, чтобы правящая власть видела ясно и знала твёрдо, чего она хочет и чего не хочет и не допустит никак». Понимая, в каком тяжёлом положении оказался после гибели отца его ученик, ставший императором, К.П. Победоносцев старался морально поддержать его. Он не раз в первые недели царствования нового монарха напоминает ему о том, что «судьбы России на земле — в руках Вашего Величества», а потому «новую политику надобно заявить немедленно и решительно»: «Ради Бога в эти первые дни царствования, которые будут иметь для Вас решительное значение, не упускайте случая заявлять свою решительную волю, прямо от Вас исходящую, чтобы все слышали и знали: „Я так хочу, или я не хочу и не допущу“; „Надобно покончить разом, именно теперь, все разговоры о свободе печати, о своеволии сходок, о представительном собрании. Всё это ложь пустых и дряблых людей, и её надобно отбросить ради правды народной и блага народного“».
Ещё до суда над террористами Лев Толстой обращается к Александру III с просьбой не казнить убийц его отца: «Простите, воздайте добром за зло…» Толстой просил К.П. Победоносцева передать царю написанное им письмо. Но Константин Петрович исполнить поручение отказался, и письмо Толстого передали великому князю Сергею Александровичу, и через него уже оно попало в руки Александра III. По этому поводу К.П. Победоносцев писал государю: «Ваше Императорское Величество… Сегодня пущена в ход мысль, которая приводит меня в ужас. Люди так развратились в мыслях, что иные считают возможным избавление осуждённых преступников от смертной казни… Может ли это случиться? Нет, нет и тысячу раз нет — этого быть не может, чтобы Вы, перед лицом всего народа русского, в такую минуту простили убийц отца Вашего, русского государя, за кровь которого вся земля (кроме немногих ослабевших умом и сердцем) требует мщения и громко ропщет, что оно замедляется».
На письме К.П. Победоносцева Александр III написал: «Будьте покойны, с подобными предложениями ко мне не посмеет прийти никто и что все шестеро будут повешены, за это я ручаюсь».
Л.Н. Толстому К.П. Победоносцев ответил: «Не взыщите, достопочтеннейший граф Лев Николаевич, за то, что я уклонился от исполнения Вашего поручения. Прочитав письмо Ваше, я увидел, что Ваша вера одна, а моя и церковная — другая, и что наш Христос — не Ваш Христос. Своего я знаю мужем силы и истины, исцеляющим расслабленных, а в Вашем показались мне черты расслабленного, который сам требует исцеления. Вот почему я по своей вере и не мог исполнить Ваше поручение».
Через шесть лет К.П. Победоносцев чуть не спас от смертной казни Александра Ульянова, старшего брата будущего вождя Октябрьской революции, который был одним из руководителей «Террористической фракции» движения «Народная воля». Они планировали осуществить покушение на Александра III. На деньги, вырученные от продажи золотой медали Ульянова, была приобретена взрывчатка для бомбы. Покушение было предотвращено, организаторы и участники арестованы. К.П. Победоносцев настаивал, что требование казни несостоявшихся цареубийц незаконно — по законам Российской империи нельзя казнить за намерения, но не смог убедить в том императора.