Против расширения торговых связей страны Прибалтики возражать не стали, но советская сторона, оценив "шаг навстречу", предложила политические переговоры. Учитывая, что ситуация в мире изменилась, лидерам прибалтийских государств пришлось сменить холодный тон на дружеский.
Впрочем, СССР для начала предлагал "пряник", Литве, например, передали Вильнюс. А ведь только 20 апреля Литва подписала с Германией договор, по которому "без ущерба для своей независимости отдавала себя под опеку Германского Рейха". Но граница сфер влияния передвинулась, теперь покровителем Литвы стал СССР.
С эстонцами советские представители общались строже, уже в начале мая замнаркома иностранных дел Потемкин заявил прибывшему в Москву министру иностранных дел Эстонии Сельтеру, что неизвестные подводные лодки топят советские суда и что недалеко от эстонских берегов какие-то неизвестные подлодки имеют свою базу. Чтобы прекратить подобные инциденты, Эстония должна предоставить СССР базы на своей территории, которые позволят контролировать южные подходы к Финскому заливу, транспортной артерии Ленинграда.
После жесткого дипломатического давления, 7 июня 1939 года, был подписан пакт о взаимопомощи между СССР и Эстонией, ставший потом шаблоном для остальных. Помимо обязательства оказывать друг другу поддержку, в том числе и военную, в случае нападения на одну из сторон, договор предоставлял СССР право на создание в Эстонии своих военных баз: в Палдиски, Сааремаа и Хийумаа, где размещалось до 25 тысяч военнослужащих.
8 июня Вышинский, принимая министра иностранных дел Литвы Наткеивичюса, поставил перед ним ультиматум: "Советскому Союзу известна дружественность Литвы по отношению к СССР. Настала пора сделать эту дружественность более реальной". Спустя два дня, подобный ультиматум был предъявлен Латвии.
Прибалты волновались, следовало разъяснить позиции. Это сделал Жданов при личной встрече с вызванным в Москву министром иностранных дел Латвии Мунтерсом: "ни вашу конституцию, ни органы, ни министерства, ни внешнюю и финансовую политику, ни экономическую систему мы затрагивать не станем". Он объяснил Мунтерсу, что СССР заботится об укреплении своей безопасности, но упомянул и о других интересах, унаследованных от Российской империи: "еще Петр Великий заботился о выходе к морю". Чтобы сомнений не оставалось, Жданов констатировал: "я вам скажу прямо: раздел сфер влияния состоялся". Спорить дальше прибалты не рискнули.
16 июня 1939 года состоялось заключение советско-латвийского пакта о взаимопомощи, по которому Москва получила право на создание военных баз в Латвии, а 19 июня был подписан аналогичный советско-литовский договор.
27 июня, русские войска, впервые после гражданской войны вернулись в Прибалтику.
С вступлением РККА в Прибалтику проблемы только начались. После раздела Польши и решения прибалтийского вопроса, союз с Рейхом становился опасным, в Москве знали о колебаниях Гитлера и осознавали – его толкают к войне с СССР. Причем толкают и противники, и союзники Москвы. Да, предполье в Прибалтике было хорошим вариантом. Но если СССР подвергнется нападению, крайне нежелательно, чтобы вокруг советских гарнизонов в Прибалтике действовала "пятая колонна". А элита прибалтийских государств вовсе не симпатизировала Советскому Союзу. Советское руководство стремилось окончательно укрепиться в стратегически выгодном регионе на границе Восточной Пруссии, устранить малейшую возможность антисоветских действий прибалтийских стран.
Наиболее сильными советские позиции были в Латвии, помимо сильного рабочего движения и компартии, Москве удалось найти сторонников и в правительстве. На СССР ориентировались министр иностранных дел Мунтерс и военный министр Балодис, один из лидеров переворота 1934 года. Литва, оказавшись под сильнейшим давлением с двух сторон, также склонялась к вернувшему Виленскую область восточному соседу, резонно опасаясь отобравшего Мемель Рейха, ведь судьба всех соседей Германии, получивших в Версале немецкие земли, была печальной. За исключением Чехословакии, ну а то, что Прага выкрутилась только с франко-советской помощью, секретом не было. При этом если латышские лидеры были готовы на вхождение своей страны на определенных условиях в состав СССР, то литовцы рассчитывали лишь стать сателлитом Москвы. С Эстонией было гораздо хуже, Советский союз поддержки не находил.
В середине лета появился новый стимул для активизации политики в Прибалтике. От советской разведки поступила информация, что немцы планируют направить высокопоставленные экономические делегации в Ригу и Таллин для заключения долгосрочных соглашений. Берлин, пользуясь размытыми формулировками соглашения о "сферах влияния", осторожно пытался расширить присутствие в Прибалтике, взяв ее под политическое и экономическое покровительство.
Жданов решил закрыть вопрос, пока не стало поздно.