Потери понесла и правительственная сторона. В массовых беспорядках погибли 7 и получили ранение 151 человек из числа сотрудников немецкой Народной полиции, МГБ и партийных активистов.
18 июня Военный трибунал приговорил шестерых, причастных к убийствам и поджогам, к расстрелу. Спустя несколько часов Военный совет Группы советских оккупационных войск в Германии утвердил эти приговоры, и в тот же день они были приведены в исполнение. Об этой суровой каре населению ГДР сообщили по национальному радио.
В дальнейшем число жертв не росло, а только менялись цифры арестованных и уточнялось число участников акций протеста. На 23 июня было задержано 8019 участников антиправительственных выступлений, 2569 из них после фильтрации в тот же день были отпущены на свободу, 1200 подверглись аресту. Уголовные дела на 394 человек поступили на рассмотрение в суды. Проверка остальных лиц продолжалась.
Несмотря на провал мятежа, в штаб-квартирах западных спецслужб не оставляли попыток подорвать хрупкое равновесие, установившееся в ГДР. Теперь под прицелом находились офицеры и солдаты советских войск. Из Западного Берлина и Западной Германии с использованием воздушных шаров и авиации на территорию ГДР от имени «Группы борьбы против бесчеловечности», «Восточного бюро» и НТС забрасывались сотни тысяч листовок антисоветского содержания, разжигавших ненависть между двумя народами.
23 июня агент МГБ ГДР сообщил, в частности, что на совещании руководящего состава «Группы борьбы против бесчеловечности», проходившем в Западном Берлине, американский офицер Браун потребовал от руководителя этой организации отчета об участии в событиях 17–18 июня в Восточном Берлине и настаивал на продолжении подрывной деятельности.
По информации агента, «Тиллих заявил ему, что в основном погромные действия в Восточном Берлине осуществлял «Союз немецкой молодежи», а «Группа» занималась пропагандой и сумела распространить в Берлине и ГДР около 500 000 листовок».
Проиграв открытую схватку, западные спецслужбы не оставили попыток взорвать ситуацию в ГДР. Основной упор они сделали на проведение разведывательно-подрывной деятельности против советских войск, наглядно показавших во время кризиса, что они являются основной сдерживающей силой, а также государственных институтов власти. В этих целях разведки США, Великобритании и ФРГ принялись создавать на территории ГДР мощную шпионскую сеть. По замыслу организаторов, их агентура должна была просочиться на ключевые посты в государстве, партии и подготовить почву для эрозии социалистического строя.