Особый отдел ПВФ, проводя оперативно-розыскную работу, учитывал то, что определенное количество кораблей и подразделений флотилии дислоцировались на территории, ранее входившей в состав Польши. Местное население, по мнению сотрудников Особого отдела НКВД, было негативно настроено к представителям Пинской военной флотилии. Так, 29 января 1941 г. начальник Особого отдела ПВФ Вербицкий информировал Москву: «До германо-польского конфликта население г. Пинска преимущественно состояло из фабрикантов, купцов, торговцев и польско-военной клики. Руководители бывшей панской Польши долгие годы, как в самом Пинске, так и его окружающих населенных пунктах насаждали фашистские партии — “ОЗОН”, “Лагерь национального объединения”, “Национал-демократов”, “Стро-ництво народове”, “Строництво людове”, “Строництво праци”, “ППС”, “Бунд” и др. Наряду с фашистскими партиями в г. Пинске также существовало много контрреволюционных организаций — “Союз осадников”, “Легионы”, “Млада польска”, “Звезнзок-резервистов”, “Легионы молодых”, “Луги” и ряд др., в которых принимало участие местное население, и воспитывалось [оно] в националистическом направлении б[ывшей] панской Польши. Помимо этого в Пинске проживало большое количество бывших белых офицеров, жандармов, полицейских, провокаторов и по-льагентов. Большинство из них бежало за границу в Германию, а часть подвергнута аресту. Прорабатывая связь военнослужащих с местным населением, установлено, что некоторая часть перечисленных категорий контрреволюционного элемента, как-то: родственники бывших людей, бывшие члены фашистских организаций и др. — проникают на работу на объекты Пинской военной флотилии и устанавливают знакомство с военнослужащими. За истекший период из числа рабочих по вольному найму нами было выявлено и изгнано из порта вражеского элемента 164 человека, из них подвергнут аресту 151 человек»[662]
.С началом Великой Отечественной войны корабельный состав Пинской флотилии увеличился за счет мобилизации гражданских судов и включал 9 мониторов (в июле с Дуная на Днепр перешли мониторы «Жемчужин» и «Ростовец»), 8 канонерских лодок, 8 сторожевых кораблей, 5 тральщиков, минный заградитель, 15 бронекатеров, отряд глиссеров, 7 плавбаз, зенитно-артиллерийский дивизион, отдельная авиаэскадрилья и рота морской пехоты. Кроме того, удовлетворительно была развита инфраструктура портов и баз. В начале июля 1941 г. основные силы флотилии были сведены в 3 отряда (Березинский, Припятский и Днепровский), которые взаимодействовали с войсками Западного и Юго-Западного фронтов, способствовали удержанию переправ через Днепр и созданию обороны на левом его берегу, участвовали в обороне Киева. С началом боевых действий корабли флотилии артиллерийским огнем поддерживали войска Западного и Юго-Западного фронтов, обеспечивали высадку десантов и переправу советских войск. Отряд моряков действовал на суше до конца сентября 1941 г.
Уже в первые дни войны Пинская флотилия понесла серьезные потери. 28 июня 1941 г. начальник ОО ПВФ Вербицкий докладывал в 3-е Управление НКВМФ СССР: «Ввиду отсутствия связи регулярно информировать Вас не могу. Обстановка флотилии в данное время не ясна: на Пинском участке части в беспорядочном состоянии бегут, армейское командование отсутствует, и флотилия начиная с 22 июня по 28 июня связи с сухопутными войсками не имеет. Однако командующий флотилией контр-адмирал Рогачев принимает все меры к удержанию отступающих одиночных войск и обороны Пинска». Далее сообщалось, что аэродром «Жабчицы» был подвергнут бомбардировке с воздуха и уничтожены находившиеся на нем самолеты 10-го авиаполка и 8 самолетов 46-й авиаэскадрильи. Таким образом, имеющаяся авиация в районе Пинска была уничтожена, а также был обстрелян из самолета корабль «Припять»[663]
. В результате бомбардировки в первый день было ранено 8 человек и убиї 1 человек, а по состоянию на 27.06.41 г. ранено 11 человек, убито 3 человека и 5 человек, работавших в гидрографической партии на р. Буг, пропали без вести. Оперативный состав был распределен по всем объектам, на тыловой базе Дорошевичи создана опергруппа во главе с Жуковым. Оперативному составу были поставлены задачи по борьбе с парашютистами, диверсантами и координации этой работы с местными группами истребительных батальонов[664].К 11 июля 1941 г. основные силы флотилии были сведены в 3 отряда: Березинский, Припятский (на Березине и Припяти в составе Западного фронта), Днепровский (на Днепре в составе Юго-Западного фронта). Березинский отряд взаимодействовал с 21-й армией, Припятский — с соединениями 4-й и 5-й армий, Днепровский — с соединениями 26-й и 38-й армий.