Три республиканские подводные лодки, плавающие в Контабрике, не могли расправиться с этим крейсером в течение долгого времени. Это позволяло крейсеру находиться без охраны и успешно решать свои задачи. У меня же на корабле то торпеды шли не туда, то мы сами проваливались на глубину. Две другие подводные лодки, на которых командирами были испанские аристократы, при выходе в море, как мне потом рассказывали матросы, отлеживались на грунте и ни в каких операциях не участвовали. Было среди республиканских командиров нежелательное для гражданской войны мнение, что топить свои, испанские, корабли ни к чему. Такого же мнения были и отдельные члены моего экипажа, а именно боцман и штурман. Таким образом, для обеспечения успеха в атаке необходимо было в то время иметь на подводной лодке не только командира, желающего этого, но и надежный экипаж корабля. Тогда для меня все неудавшиеся случаи были неожиданностью. Перед поездкой в Испанию вопрос о вредительстве и о невыполнении приказов даже не упоминался. Говорили, что все в порядке. У меня же во время плавания на севере Испании в конце концов создалось впечатление, что в команде подводной лодки есть люди, действующие против республики”.
Чуть ли не единственный кадровый офицер-подводник, оставшийся верным Республике – командир С-5 capit'an de corbeta Remigio Verdia Jol'i, был назначен командовать флотилией ПЛ. Республиканцы пытались восполнить нехватку офицеров-подводников моряками торгового флота и советскими добровольцами.
Старший советский морской советник республиканцев капитан 1 ранга Н.Г. Кузнецов, видя, что квалифицированных специалистов-подводников катастрофически не хватает, попросил Москву прислать в Испанию несколько опытных подводников. Всего через Испанию их прошло шестеро: И.А Бурмистров, Н.П. Египко, Г.Ю. Кузьмин, С.П. Лисин, И.В. Грачев и В.Е. Егоров. Первым в ноябре 1936 года прибыл капитан-лейтенант И.А. Бурмистров. В отличие от других советских специалистов, которые в основном выполняли функции военных советников, этой шестерке пришлось командовать испанскими субмаринами: С-1 поочередно командовали Бурмистров, Грачев и Кузьмин, С-2 – Егоров и Египко, С-4 – Лисин и Кузьмин, С-6 – Бурмистров и Египко.
Действия лодок в районе Гибралтарского пролива и у Балеарских островов осложнялись неопытностью их командиров, в результате чего ПЛ преимущественно находились в надводном положении, что делало их уязвимыми от ударов самолетов мятежников, быстро организовавших авиационное противолодочное патрулирование и даже от огня береговой артиллерии. Этому способствовала и большая прозрачность воды в этих районах.
Так, 28 июля С-4 получила повреждения от снарядов береговой артиллерии при патрулировании в районе Уэльвы и была вынуждена уйти на ремонт в Танжер, а затем в Малагу и Картахену (лодка вышла из строя до 22 августа). Через два дня С-3 в проливе подверглись атаке гидросамолетов националистов, при этом две бомбы разорвались у борта лодки. У Балеарских островов атаке авиации противника подверглись В-3 и В-4. 15 августа у побережья Испанского Марокко, получив повреждения после атаки самолетов, С-1 ушла в Малагу, где была тяжело повреждена авиабомбой и ее отбуксировали в Картахену на шестимесячный ремонт. В конце августа в результате атаки трех гидросамолетов мятежников получила повреждения С-3, отбуксирована в Малагу на ремонт. 12 октября в районе Гибралтарского пролива была потоплена гидросамолетом националистов В-5.
Действия правительственных ПЛ по блокаде Гибралтарского пролива не сыграли существенной роли. В ночь с 26 на 27 июля С-4 выпустила 37 артиллерийских снарядов и торпеду по судам, пересекавшим Гибралтарский пролив, но попаданий не добилась. По некоторым данным, 13 августа С-3 в районе Малаги потопила два мелких рыболовных судна, а 14 сентября одна из республиканских ПЛ захватила и затопила рыболовный сейнер „Alvarez Feihoo“ (112 брт). Выходы лодок из Малаги становились все реже и не давали эффекта. В конце сентября в районе пролива действовала только одна лодка – С-2.
Подводным лодкам была поставлена задача не только прервать пути переброски мятежных войск на Иберийский полуостров, но и не допустить выгрузку в портах, контролируемых повстанцами, грузов военного назначения, доставляемых на иностранных судах. При этом действия ПЛ затруднялись открытым противодействием военных кораблей Италии и Германии, правительства которых поддерживали мятежных генералов.