Султан чувствовал, что власть может ускользнуть из его рук, и поэтому он был вынужден пойти на союз с Россией против Франции, пытаясь несколько поправить дела, а также сдержать Англию в ее чересчур дружественной помощи. Султан отдавал себе отчет в том, что позиции России значительно усилятся на Балканском полуострове, если он пустит русский флот в Средиземное море. Но Селим надеялся совместными с англичанами усилиями заставить русских уйти после того, как они выполнят свою задачу и очистят Ионические острова от французов.
В этой политической обстановке не было сомнений в необходимости войны против французов только у английского и австрийского правительств.
Англия, для которой французская буржуазия явилась основной соперницей в борьбе за колонии и первенство в европейских делах, и Австрия, стремившаяся вернуть с помощью России потерянные владения, выступали инициаторами создания второй антифранцузской коалиции. Они всеми средствами старались втянуть Россию и Турцию в активные действия против Франции.
Известие о том, что Бонапарт высадился в Александрии и начал захват Египта, заставило Селима III объявить войну Франции и запросить помощи у России и Англии.
С этого момента события начали развиваться столь стремительно, что остановить их было уже невозможно.
Реальная возможность осуществления Францией своих планов в восточном Средиземноморье и в связи с этим угроза интересам Англии, России и Турции обусловили их объединение вместе с Австрией в новую коалицию.
Ничего не было более противоестественней этой коалиции: давние враги Турция и Россия создавали объединенный флот, а извечные соперники в европейской политике Россия и Австрия — соединенную сухопутную армию. При этом союзники России — Турция, Англия и Австрия стремились использовать ее флот и армию для осуществления своих эгоистических целей. Сначала использовать, а затем заставить их вернуться в Россию, передав завоеванное в руки союзников.
Флотом был назначен командовать Ф. Ф. Ушаков, сухопутными войсками — А. В. Суворов.
Обман, коварство, саботаж в выполнении союзнических обязательств — вот с чем пришлось столкнуться Ф. Ф. Ушакову и А. В. Суворову во время проведения совместных боевых действий против французской армии и флота.
Получив именной указ императора Павла I, адмирал Ушаков с эскадрой вышел 12 августа из Севастополя. Направляя флот в Средиземное море, Павел поставил перед его командующим весьма сложные задачи — освободить от французов Ионические острова, овладеть Южной Италией, оказать содействие армии Суворова в освобождении Северной Италии и, наконец, помочь английскому флоту в захвате острова Мальты, осаду которого уже несколько месяцев безуспешно вел адмирал Нельсон. Для выполнения этого чрезвычайно сложного задания у Ушакова были шесть линейных кораблей, семь фрегатов, три посыльных корабля и два батальона пехоты. Всего семь тысяч четыреста семь человек и семьсот девяносто два орудия.
24 августа русские корабли вошли в Босфор. В честь этого события султан Селим III «за скорый приход с флотом» подарил Ушакову золотую, с бриллиантами, табакерку, шесть медных пушек и передал матросам русских судов две тысячи золотых червонцев.
30 августа Ушаков начал переговоры о совместных действиях русского, английского и турецкого флотов.
Здесь во всем блеске проявился талант Ушакова как дипломата.
Он добился того, что Порта обязалась присоединить к русской эскадре такую же турецкую под флагом вице-адмирала Кадыр-бея, предоставила на время войны свободный проход русским судам в Средиземное море и дала указание своим пашам в Морее и Албании помочь Ушакову людьми и припасами.
Союз был заключен. Далеко идущие планы Англии, которая пыталась использовать русско-турецкий флот для блокады Египта и не допустить его к берегам Италии и Балканского полуострова, дабы исключить влияние России на политическую и военную обстановку в этих районах, не удались. Проявив себя умелым дипломатом, Ушаков добился того, что союзный флот направился для освобождения Ионических островов и защиты побережья Албании от возможного десанта французов, а не к берегам Египта.
8 сентября 1798 года русская эскадра вошла в Мраморное море. Через два дня русские и турецкие эскадры встретились и вскоре направились к Ионическим островам. Теперь под командованием Ушакова было десять линейных кораблей, двадцать фрегатов, шесть бригов и несколько легких греческих судов — «кирлангачей», которые добровольно присоединились к эскадре Ушакова.
Весть о появлении объединенного флота разнеслась по всему Средиземному морю. Население Ионических островов встречало русских моряков как освободителей. За октябрь месяц флот Ушакова освободил от французов все острова Ионического архипелага, за исключением острова Корфу с расположенной на нем одной из самых грозных крепостей на Средиземном море.
Несмотря на препятствия, которые чинили ему союзники, недостаток снаряжения и припасов, Ушаков провел успешную подготовку к штурму и этой крепости.