Корабли данного типа обладали хорошими мореходными качествами. Использование оружия было возможно при волнении моря до четырех баллов. В качестве средств успокоения качки использовались бортовые управляемые рули. Главным недостатком пр. 159 и его модификаций специалисты считали морально устаревшее вооружение, сложную конструкцию и малую надежность главных механизмов.
Всего в период с 1958 г. по 1976 г. для советского флота было построено 45 кораблей данного типа. Из них 22 единицы по пр. 159, а 23 – по пр. 159А. Головной (опытный) СКР построили в Зеленодольске на ССЗ № 340 (с 1966 г. Зеленодольский ССЗ им. Горького), а серийные корабли – в Калининграде на ССЗ № 820 (с 1966 г. Прибалтийский ССЗ «Янтарь») и в Хабаровске на ССЗ № 876 (с 1966 г. Хабаровский ССЗ). Заказ на один корабль пр. 159А (СКР-88) 4.08.1967 г. аннулировали. Еще два корабля пр. 159А (СКР-96 и СКР-95) в период постройки были куплены правительствами Эфиопии и Вьетнама. Они входили в состав советского флота временно, лишь в период подготовки к передаче заказчику. СКР пр. 159А в отличие от пр. 159, имели два пятитрубных 400-мм ТА, вместо четырех РБУ-2500 – две РБУ-6000 и вместо РЛС «Фут-Н» – РЛС «Рубка». На части СКР устанавливалась РЛС «Турель». В период с 1969 г. по 1973 г., для повышения возможностей пр. 159 по обнаружения подводных лодок, в Зеленодольском ПКБ был разработан проект его модернизации, известный как пр. 159М. В соответствии с ним на кораблях вместо кормовых РБУ-2500 установили ГАС «Вега» с антенной в буксируемом обтекателе, вместо ГАС «Титан» и «Вычегда» в подкильном обтекателе ГАС «Платина-МС», вместо РЛС «Фут-Н» – РЛС «Рубка», а вместо РЛС «Нептун» – РЛС «Дон-2». По пр. 159М модернизирова- ли СКР-11, СКР-18, СКР-26, СКР-33, СКР-38, СКР-41, СКР-43, СКР-46 и СКР-47. При этом на СКР-33, СКР-38 и СКР-46 продолжала сохраняться РЛС «Фут-Н».
В начале 60-х годов СКР-1 (с одновременной переклассификацией в ОС-332) переоборудовали в опытное судно для испытаний ПЛРК «Вихрь». В середине 70-х годов на СКР-17 (с одновременной переклассификацией в ОС-34) разместили ГАС «Аврора-Н» с подъемно стоп-стартовым опускным устройством (ПСУ) «Руза-Н». Рабочее тело ГАС с ПСУ размещались в закрытом ангаре, смонтированном вместо кормовых РБУ-2500. На СКР-46 проходил испытания ГАС «Вега», а на СКР-98 – ГАК «Бронза». Первая предназначалась для СКР пр. 1135 и пр. 1135М, а последний – для ПСКР пр. 11351 и МПК пр. 12412. В конце 70-х годов СКР-30 переклассифицировали в ОС-333. На нем отрабатывали носители датчиков и аппаратуру неакустических средств поиска ПЛ по темам «Кайра» и «Струя-2М». Одновременно проводились испытания ПОУ СОКС «Кайра». В конце 70-х СОКС «Кайра» в полной комплектации испытывалась на СКР-34.
Из 45 кораблей пр. 159 и пр. 159А построенных для советского флота, к декабрю 1991 г. в строю оставалось 14 единиц. Девять кораблей (СКР-82, СКР-94, СКР-95, СКР-100, СКР-104, СКР-108, СКР-115, СКР-130 и СКР-135) продали правительствам Вьетнама (четыре единицы), Эфиопии (две единицы) и Индии (три единицы). Остальные СКР (23 единицы) по различным причинам исключили из боевого состава флота и сдали на слом.