В военной сфере Яков II добился того, что за три с половиной года преобразовал британскую армию, представлявшую при Карле II фактически расширенную до 3,5 тыс. человек королевскую гвардию, во главе которой зачастую стояли не имевшие никакого военного опыта придворные и аристократы, в постоянные регулярные войска, которые находились под прямым командованием, монарха и управлялись профессиональным офицерским составом. За свое краткое правление Яков II не успел превратить британскую армию в эффективный военный механизм, способный решать сложные стратегические задачи. Когда в 1688 г. его войскам пришлось столкнуться с ветеранами европейских войн, собравшимися под знаменем Вильгельма Оранского, стало очевидно, что британской армии предстоит проделать долгий путь преобразований и реформ, пока она сможет достигнуть уровня вооруженных сил своих континентальных соседей. Вопрос о реорганизации армии имел для Якова II не только сугубо военное, но и политическое значение. Создав постоянно работающий военный трибунал, король вывел армию из-под юрисдикции гражданских судебных органов и гражданской власти в целом. В перспективе Яков II стремился сделать армию центральным звеном в системе государственного управления. Опираясь на нее, корона могла добиться большей самостоятельности в проведении как внутренней, так и внешней политики, и, в конечном счете, сокрушить олигархический режим, сложившийся в Англии во второй половине XVII в. Военные реформы Якова II имели огромное значение для становления якобитского движения: после 1688 г. офицеры и солдаты его армии создали в различных частях Британских островов очаги сопротивления новой власти и стали важнейшим звеном в антиправительственной конспирации политических сил, добивавшихся реставрации свергнутого монарха.
В религиозной политике главной целью Якова II было улучшение положения католиков в Британии и Ирландии. Помимо личных убеждений в данном случае у короля также имелся политический расчет. Во время Английской революции середины XVII в. католики показали себя наиболее твердыми сторонниками монархии, и Яков II рассматривал их в качестве фракции британского общества, на которую он мог твердо положиться. Но в конце XVII в. католическая община была слишком малочисленна, чтобы послужить надежной опорой короне, поэтому с приходом к власти Яков II начал искать новых союзников. В первой половине своего правления он пытался создать союз католиков и «высоких тори», которых король рассматривал в качестве второй наиболее надежной опоры своей власти, поскольку торийская партия помогла ему преодолеть «исключительный кризис» 1679–1681 гг. и фактически привела к власти в 1685 г. Однако в 1687 г. Яков II вынужден был резко сменить курс. С одной стороны, он убедился в том, что англикане не пойдут на союз с католиками, и, более того, именно государственная церковь является главным препятствием на пути усиления позиций его единоверцев в Британии. С другой стороны, король, во многом под влиянием своих вигских советников, решил сделать ставку не на социальные слои, связанные с земельными интересами, а на новые коммерческие круги. Объявление королем политики всеобщей веротерпимости фактически означало объединение вокруг монарха всех противников государственной церкви — как католиков, так и протестантских нонконформистов.
В 1687–1688 гг. основной линией короля стала постепенная ликвидация привилегированного положения англиканской церкви во всех областях общественной жизни: духовной сфере, образовании, управлении, судопроизводстве. Огромное значение Яков II придавал созыву парламента, который должен был отменить карательные законы и «Тест-Акты». Британские политики опасались, что отмена этих законов позволит Якову II создать новую (альтернативную) элиту, опираясь на которую король постепенно оттеснит от власти всех, кто препятствовал его реформам. В условиях общественной истерии 1680-х гг. религиозная политика Якова II была негативно воспринята широкими слоями населения, что умело использовала оппозиция, интерпретировав ее как стремление короны добиться полного восстановления на Британских островах былых позиций католической церкви и, в конечном счете, уничтожения результатов Реформации. В умах современников Якова II тенденция к централизации власти и реставрация католицизма были лишь двумя сторонами одного процесса — создания католического абсолютистского государства, ярким примером которого для британцев того времени выступала французская монархия Людовика XIV.
Специфика внутриполитического курса Якова II заключалась и в том, что в отличие от ряда своих предшественников, он уделял больше внимания Ирландии и Шотландии, что явилось одним из факторов, способствовавших развитию якобитизма прежде всего на этих территориях.