Важным эпизодом в политической карьере Якова II стал «исключительный кризис» 1679–1681 гг. Эта проблема исследована в работах Дж. П. Кенйона, М. Найтса, К.Э. Эди[45]. В частности, Дж. П. Кенйон впервые отметил, что герцог Йорк пытался сформировать собственную партию еще в правление Карла II и во время «исключительного кризиса» рассматривал гражданскую войну в Англии с опорой на Ирландию и Францию как один из способов достижения власти[46]. Дж. П. Кенйон также написал монографию о графе Сандерленде — одном из «эксклюзионистов», впоследствии ставшим главным министром Якова II[47].
Д. Огг и К. Хилл рассмотрели развитие экономики и социальные проблемы, существовавшие в правление Якова II[48]. У. А. Спек проанализировал отношения монарха с государственными органами, представлявшими основные ветви власти: парламентом, Тайным советом, судами различных инстанций[49]. К. Филинг исследовала отношения Якова II с партией тори в 1685–1688 гг.[50] Дж. Р. Джоунс коснулся вопроса о взаимоотношениях короля с вигами[51].
Существует ряд работ по отдельным проблемам, связанным с церковной политикой Якова II и религиозной ситуацией на Британских островах в его правление. Английский историк У. Гибсон написал обширное исследование о «Деле семи епископов»[52]. Дж. П. Лосону принадлежит блестящая работа о епископальной церкви Шотландии, в которой особое внимание уделяется периоду правления Якова II и «Славной революции»[53]. Итальянский ученый В. Буранелли изучил взаимоотношения Якова II и одного из лидеров квакеров У. Пенна. Следует отметить, что этот автор ошибочно отрицает участие У. Пенна в якобитском движении[54]. Британский исследователь Б. Р. Уайт коснулся вопроса о связях Якова II с нонконформистскими общинами Англии[55]. Дж.С. Гиббс изучил политику короля в отношении эмигрантов-гугенотов[56]. Американский историк С. Соуэрби исследует религиозную политику Якова II в контексте процесса трансформации английской национальной идентичности[57]. М. Клоузиер написал статью об учреждении католического ордена Чертополоха в Шотландии[58].
Английский военный историк Дж. Чайлдс, основываясь на широком круге материалов официального делопроизводства (как архивных, так и опубликованных) и документах частных архивов, написал фундаментальную монографию об армии Якова II. Автор книги уделил особое внимание возникновению в вооруженных силах Англии офицерского заговора против Якова II и той роли, которую он сыграл в период «Славной революции». Анализируя ситуацию на Британских островах, исследователь приходит к выводу, что у британского монарха была вполне реальная возможность разбить в 1688 г. «протестантский десант» из Нидерландов[59]. Проблеме создания в XVI–XVIII вв. британской армии посвятил свою книгу шотландский историк Р.Б. Мэннинг. Однако, касаясь периода Якова II, он полностью повторяет основные выводы Дж. Чайлдса[60].
При изучении внешней политики Британии в правление этого монарха ученые уделяли основное внимание отношениям с Францией (Е. Кассаветти, Р.Х. Джордж)[61]. Л. Хьюз посвятила небольшую работу миссии посла России дьяка В.Т. Постникова в Лондон в 1687 г.[62]
Движение якобитов получило в историографии столь же неоднозначную оценку, как и сам монарх, с чьим именем оно связано. Остаются малоисследованными многие аспекты якобитизма. Прежде всего, движение весьма неравномерно изучено по периодам и регионам. Наибольшее внимание исследователей привлекали проблемы, связанные с событиями, последовавшими после смерти Якова II: реакция якобитов на заключение Англо-шотландской унии 1707 г. и на приход к власти в Великобритании династии Ганноверов в 1714 г., «Великие восстания» 1715–1716 и 1745–1745 гг. Таким образом, в хронологическом плане наиболее изученной является первая половина XVIII в., которую можно охарактеризовать как период расцвета и крушения якобитизма. Вместе с тем, вплоть до настоящего времени отсутствует обобщающая работа о становлении этого политического движения.