Когда Тоорила отстранили от власти в 1197 году, именно Чингисхан его восстановил. В 1199 году Чингисхан объединил силы с Тоорилом, чтобы разгромить тюрок-найманов; но вскоре он стал завидовать могуществу кереитов. Тоорил теперь был главным владыкой Восточных степей. Он носил титул Ван-хан или Он-хан, который проник в Западную Азию в более знакомой нам и благозвучной форме Иоанн, что сделало его кандидатом на роль пресвитера Иоанна. Но это был кровожадный и вероломный человек, на удивление лишенный каких-либо христианских добродетелей, да к тому же он никогда не приходил на помощь к своим единоверцам христианам. В 1203 году он поссорился с Чингисханом. Их первая битва при Халахалджин-Элэте ничего не решила, но через несколько недель армия кереитов была уничтожена у Чжэчжэр-ундура, в самом сердце страны кереитов. Тоорил погиб во время бегства. Уцелевшие члены его семьи подчинились Чингисхану, который присоединил к своим владениям всю их землю.
Следующим народом, которых подчинил Чингисхан, стали найманы. Это произошло в 1204 году после великой битвы при Чакирмауте, где на кону стояла власть Чингисхана. В ходе войн следующих двух лет Чингисхан сделался верховным вождем надо всеми племенами между бассейнами рек Тарим и Амур и Великой Китайской стеной. В 1206 году на берегах реки Онон состоялся курултай — съезд подданных ему племен, который подтвердил его ханский титул, и он провозгласил, что его народ отныне должен называться общим именем монголов.
Империя Чингисхана фактически представляла собой конгломерат множества кланов. Он не стал наводить новые порядки в старой организации племен под властью наследственных вождей. Он всего лишь поставил на самом верху свою семью, Алтын Урук, то есть Золотой Род, и учредил центральное правительство, которое находилось в руках его домочадцев и соратников, а во владение свободным кланам отдал множество рабов, захваченных в племенах, которые сопротивлялись ему и проиграли. Он тысячами раздавал невольников родным и друзьям. На курултае 1206 года его мать Оэлун и брат Тэмуге-Отчигин получили по десять тысяч родов в свое пользование, а юные сыновья — по пять-шесть тысяч. Если племена и города покорялись ему без борьбы, он не вмешивался в их дела до тех пор, пока они соблюдали уважали его верховные законы и платили сборщикам налогов нелегкую дань, которой он их обложил. Чтобы крепче связать свои владения, он разработал уложение законов — Ясу, она должна была сменить собой правовые обычаи степей. В Ясе, выходившей несколькими частями в течение правления Чингисхана, излагались права и привилегии родовых вождей, условия военной и прочей службы, которую они обязаны были нести перед ханом, принципы взимания налогов, а также уголовное, гражданское и торговое право. Даже являясь верховным правителем и самодержцем, Чингисхан тем не менее хотел сделать так, чтобы и он, и его преемники были ограничены законом.
Организовав администрацию своей империи, Чингисхан тут же взялся ее расширять. Теперь он располагал значительной армией, об устройстве которой он позаботился не менее тщательно. Все мужчины племен старше четырнадцати и младше шестидесяти лет считались военнообязанными по монгольской и тюркской традиции, и ежегодные зимние охотничьи походы, чтобы запастись мясом для войск и вельмож, выполняли функцию учений и маневров для тренировки солдат. По своему характеру монголы привыкли беспрекословно подчиняться предводителям, а их вожди на своем горьком опыте узнали, что им следует так же беспрекословно подчиняться хану. Его подданных, как все кочевые племена, снедало желание уйти далеко за горизонт и страх, что истощатся их пастбища и леса. Хан предложил им новые страны, громадную добычу и толпы рабов. Они представляли собой полчище всадников, вооруженных луками и копьями, на быстрых, невысоких лошадях, причем и люди, и животные в нем с рождения привыкали к тяжелой кочевой жизни, долгим переходам через пустыни со скудными запасами еды и питья. Такого сочетания скорости, дисциплины и численности история еще не знала.