Для папы было особенно важно, чтобы предприятию содействовали власти на Кипре, ибо орденская штаб-квартира находилась на острове. Но теперь там правил брат Генриха II Амори, временно отстранивший короля от власти при помощи как раз тамплиеров. В мае 1308 года на Кипр из Авиньона прибыл приор Хетум с приказом папы немедленно арестовать рыцарей, так как установлено, что они еретики. Амори не торопился с выполнением приказа, и рыцари под командованием маршала Эме д’Оселье успели подготовиться к обороне. Но 1 июня после недолгого вооруженного сопротивления они сдались. Их казну, за исключением большой ее части, которую они спрятали так хорошо, что ее так и не удалось отыскать, вывезли из Лимасола в резиденцию Амори в Никосии, а самих рыцарей посадили под стражу, сначала в Хирохитии и Ермасойе, а затем в Лефкаре. Там они пробыли три года. В мае 1310 года, после того как король Генрих II вернулся к власти, кипрских тамплиеров наконец предали суду по настоянию папы. Во Франции многие их собратья уже сгорели на кострах, и по всей Европе членов ордена бросали в тюрьмы и лишали имущества. Король Генрих не любил рыцарей, которые предали его за несколько лет до того. Но он справедливо судил их. Обвинялось семьдесят шесть человек. Все они отрицали свою вину. Знатные свидетели под присягой заявили об их невиновности, а один из свидетелей обвинения заявил, что стал подозревать их только после того, как получил папский доклад об их преступлениях. Их полностью оправдали. Когда новость об этом добралась до Авиньона, папа сердито написал королю Генриху, приказав провести второй процесс, и послал своего личного представителя Доменико из Палестрины надзирать за отправлением правосудия. Чем кончился второй суд, который состоялся в 1311 году, неизвестно. Климент приказал Доменико, чтобы в случае вероятности повторного оправдания он заручился поддержкой приоров доминиканцев и францисканцев в применении пытки, а помочь ему в этих трудах на Кипр также отправился папский легат на Востоке Пьер, епископ Родосский. Видимо, поэтому король не стал торопиться с вердиктом и оставил обвиняемых в тюрьме. Они все еще находились там в 1313 году, когда Пьер Родосский огласил перед всеми епископами и иерархами Кипра папский декрет от 12 марта 1312 года, который запрещал орден и передавал все его богатства и владения госпитальерам — после того как светские власти возместят себе судебные издержки. Все европейские короли единодушно нашли, что издержки оказались чрезвычайно высокими. Госпитальерам досталось не так уж много, не считая недвижимого имущества. Арестованных на Кипре тамплиеров так и не освободили. Но им повезло больше, чем их Великому магистру, которого после нескольких лет заключения и пыток, признаний и отречений сожгли на костре в Париже в марте 1314 года.
После ликвидации тамплиеров и переезда госпитальеров на Родос Кипрское королевство осталось единственной христианской державой, которой близко касались дела Святой земли. Номинально кипрский государь значился королем Иерусалима, и многие монархи будущих поколений после коронации королями Кипра в Никосии возлагали на себя корону Иерусалима в Фамагусте — городе, который находился ближе всего к их утраченным владениям. Более того, сирийское побережье представляло стратегическую важность для Кипра. Если бы там появился воинственный враг, он поставил бы под угрозу само существование королевства. К счастью, султан слишком боялся нового крестового похода, чтобы пользоваться сирийскими портами. Он предпочел, чтобы они лежали в запустении. Тем не менее Кипру угрожала постоянная опасность со стороны Египта. Полагая, что лучшая защита — это нападение, в 1292 году король Генрих послал пятнадцать своих галер и еще десять, присланных папой, совершить набег на Александрию. Дело окончилось ничем, разве только внушило аль-Ашрафу твердое намерение завоевать Кипр. «Кипр, Кипр, Кипр!» — вскричал он и приказал построить сотню галер. Но у него были и другие грандиозные планы. Сначала нужно было разгромить монголов, а потом — оккупировать Багдад. Но его дерзания озаботили эмиров, и они убили его 13 декабря 1293 года. Неважная награда для решительного молодого государя, который завершил труд Саладина и выгнал из Сирии последних франков.