Из Акры Фридрих направился в Лимасол. Он пробыл на Кипре около десяти дней, где подтвердил назначение бальи Амори де Барле и его четырех друзей, Говена де Шенеше, Амори Бейсанского, Гуго Джебейльского и Гийома де Риве. Он поручил им заботиться о короле. В то же время он устроил брак между юным королем и Алисой Монферратской, чей отец был одним из его надежных приверженцев в Италии. 10 июня 1229 года он высадился в Бриндизи.
Изо всех великих крестоносцев император Фридрих II больше всех не оправдал ожиданий. Это был человек блестяще одаренный, который знал менталитет мусульман и был способен вникнуть в тонкости их дипломатии; он прекрасно видел, что ради существования франкского Утремера христиане должны прийти с ними к какому-то взаимопониманию. Но он не смог понять характер франкского Утремера. Опыт и достижения его нормандских предков и собственный темперамент и представления об империи заставляли его стремиться к созданию централизованной автократии. Эта задача оказалась слишком труда для него в Европе, за исключением итальянских владений. На Кипре он мог бы добиться, чего хотел, если бы лучше выбирал способы. Но в Иерусалимском королевстве его эксперимент не мог не провалиться. От королевства осталась лишь небольшое скопище городов и замков, опасно выстроившихся друг за другом без четкой границы для обороны. Централизованное правительство в нем уже было невозможно. Задачу по управлению государством приходилось возлагать на местные власти, пусть даже уставшие от взаимных ссор и зависти, под руководством дипломатичного и всеми уважаемого вождя. Этими властями были светские бароны и военные ордена. Фридрих же оттолкнул от себя светских баронов, поправ права и традиции, которыми они гордились. Военные ордена представляли еще большую важность, так как теперь, когда рыцари предпочитали пытать удачу во франкской Греции, они одни давали новобранцев, чтобы воевать и жить на Востоке. Но хотя их магистры заседали в королевском совете и хотя они выполняли приказы короля как главнокомандующего на поле боя, ордена подчинялись только папе. От них нельзя было ждать подчинения правителю, отлученного папой от церкви и заклейменного как враг христианства. Только тевтонские рыцари, чей орден был наименее значительным из трех, были готовы проигнорировать папский запрет из-за дружбы их магистра с императором. Примечательно, что при таких малых ресурсах и такой ненависти к нему Фридриху все же удалось одержать столь поразительный дипломатический успех, как возвращение самого Иерусалима.
На самом деле возвращение Иерусалима принесло мало выгоды королевству. Из-за поспешного отъезда Фридриха он остался незащищенным. Поставить охрану на дороге от побережья было невозможно, и мусульманские разбойники грабили и даже убивали паломников. Через несколько недель после отъезда Фридриха фанатичные имамы в Хевроне и Наблусе организовали набег на Иерусалим. Христиане всех обрядов бежали, спасаясь, в Башню Давида, а Рено из Хайфы, управлявший городом, послал в Акру за помощью. Прибытие двух бальи — Балиана Сидонского и Гарнье Немца с армией — заставило нападающих отступить. Правители-мусульмане отрицали всякое участие в набеге, и, когда в городе поставили более сильный гарнизон и построили несколько небольших укреплений, там стало безопаснее. Патриарх снял интердикт и жил там в течение части года. Но положение все же оставалось опасным. Султан мог в любой удобный ему момент вновь захватить Иерусалим. В Галилее, где отстраивались замки Монфор и Торон, позиции христиан были сильнее. Но при мусульманах в Сафеде и Баньясе не было никаких гарантий, что это продлится долго.