Затем уже и сам Потемкин отписал в столицу Екатерине: «Сей человек неспособен к начальству, неретив, а может быть, и боится турков. Притом душу имеет черную… Может быть, для корысти он отваживался, но многими судами никогда не командовал. Он нов в сем деле, команду всю запустил, ничему нет толку: не знавши языка, ни приказать, ни выслушать не может».
Звезда Поля Джонса в России начала понемногу закатываться. Говорят, что Екатерину II особенно волновали явно республиканские взгляды Поля Джонса.
Критиковал Джонса и Суворов, как, впрочем, и других новых кондотьеров, упрекая в поверхностном отношении к службе: «Коли по прихоти их не сбывается, сразу грозят отставкой». Много копий сломано историками и из-за батареи на стрелке Кинбурнской косы. Батарея была построена Суворовым на самой оконечности косы и сыграла решающую роль в сражении 18 июня 1788 года, когда ее огнем была уничтожена значительная часть турецкого флота.
Поль Джонс утверждал впоследствии, что идею сооружения батареи подал Суворову именно он.
В письмах Суворова мы находим ответ, кому же принадлежит здесь пальма первенства. Действительно, прибыв на театр военных действий, Поль Джонс сразу отметил удобную позицию для сооружения укрепленной батареи. Она смогла бы не только контролировать проход в лиман, но и оказала бы большую поддержку кораблям. А те, в свою очередь, смогли бы своим огнем также поддержать батарею. Суворов ясно видел необходимость строительства батареи и без советов «англо-американца», как он его иногда называл. Но он был не только теоретиком. «Поль Джонс бредил здесь батареей на косе, до сего времени исполнить сие не было возможно, ничего не решено, дыры латаем спустя рукава… Он (Поль Джонс) пишет мне про батарею словно министр», — писал генерал-аншеф. При первой возможности батарея была построена.
После разгрома турецкого флота Очаков оказался полностью блокирован. Боевые действия на море в Лимане практически закончились. 9 декабря 1788 года Очаков пал. К сожалению, участвовать в штурме Джонсу не пришлось. По распоряжению императрицы он был отозван в Петербург: обстановка на Балтике осложнилась, Швеция объявила войну России. Флот противника вошел в Финский залив и угрожал столице. В дополнение ко всему 15 октября в море на флагманском корабле «Ростислав» неожиданно умер Грейг. Россия потеряла выдающегося моряка, храброго и преданного адмирала. Что касается Джонса, то он лишился своего главного заступника. Отныне он оставался один на один со всеми своими явными и тайными недоброжелателями. «Неожиданное известие о смерти Сэмюела Грейга, — писал Поль Джонс, — меня очень огорчило. Во-первых, я потерял друга, который к тому же был близок к императрице. Во-вторых, его смерть явилась непосредственной причиной моего отъезда с Черного моря. С сэром Сэмюелом мы не только прекрасно понимали друг друга, но и были абсолютно убеждены в необходимости нашей службы императрице… Я мог только мечтать, чтобы мои отношения с коллегами в России были такие, как с Грейгом на флоте и с Суворовым в армии». Между тем в Кронштадте и Петербурге прошел слух: Джонс едет на место Грейга. И снова встревожились англичане: «пират-янки» — командующий Балтийским флотом?!
В последний раз виделись они с Суворовым. Наступила осень. Суворов на прощание подарил Полю бобровую шубу и подбитый горностаем доломан. Он не раз величал его Дон Жуаном, и теперь сказал: «Возьмите, Джонс, вам они подойдут, вы ведь французский кавалер. Для вашего брата Суворова годится серая солдатская шинель и забрызганные грязью сапоги. Прощайте».
Планируя по пути в Петербург заехать в Варшаву, Джонс направляется в Киев. Здесь он встречается с М. И. Кутузовым.
Ставший уже известным в русской армии молодой генерал только что оправился от тяжелого ранения, полученного под Очаковым, и тоже ехал в Петербург. Его сопровождали Беннигсен и совсем еще молодой Багратион. Встреча с боевыми соратниками была неожиданной, но приятной. По предложению Кутузова решили ехать вместе. И вот после короткого отдыха в Киеве все четверо отправляются в путь. Маршрут выбрали — Минск, Двинск, Псков. Дорога зимняя — санная кибитка, резвая тройка да звонкие бубенцы. Ехали не спеша и к вечеру 28 декабря добрались до Петербурга. Столица готовилась к встрече Нового, 1789 года. Жизнь в Петербурге шла обычным порядком, несмотря на войну. Скованные льдом корабли стояли разоруженные в своих гаванях. Адмиралу оставалось только включиться в светскую жизнь столицы.
До середины марта жизнь Джонса в Петербурге никак нельзя было назвать скучной. Остановился он в дорогих номерах одной из лучших гостиниц. Был принят ко двору. Его денежные расходы в дополнение к адмиральскому жалованию щедро оплачивались казной. Герой Очакова, американский моряк, Джонс постоянно находился в центре внимания петербургского общества. Очевидно, именно к этому времени относится его портрет, исполненный неизвестном автором в виде миниатюры; он был приобретен императорским Эрмитажем. Только одно тревожило адмирала — это отсутствие определенности в дальнейшей службе.