При тайных свиданиях с Дарнлеем она указала ему, какое жалкое положение займет он среди буйного дворянства, если позволит ему одержать верх над нею, и в то же время указала на опасность, которой он подвергнется со стороны союзных государей, если допустит торжество протестантской религии. Ей нетрудно было привлечь его. Дарнлей был человек пустой и слабый. Резкие и унизительные объяснения между ним и королевой, казалось, были забыты. Мария делала вид, что забыла про обиду. И тогда Дарнлей решился помогать освобождению Марии Стюарт. Это освобождение, разумеется, могло совершиться только при обмане других заговорщиков. Через несколько дней Дарнлей заявил, что королева больна лихорадкой и ей угрожают преждевременные роды, если она не переменит места. В то же время уверял, что она готова исполнить их желания и подписать нужные им акты. В доказательство этому он привел к ней Меррея, Мортона и Рутвена. Мария стала упрашивать их забыть все прошлое, и что она снова будет милостива к изгнанникам и подпишет нужные им условия.
Принужденные уступить желаниям короля и просьбам королевы, заговорщики составили акт в защиту своей безопасности и передали его Дарнлею для подписи королевой. Но в следующую ночь (11 марта) Мария вместе с Дарнлеем и капитаном гвардии Эрскином тайно из Гомруда на заранее приготовленных лошадях отправилась в замок Денбар.
Прибыв туда, она немедленно созвала вооруженных дворян. Заговорщики, узнав об этом, послали к ней лорда Семпля для исполнения данных ею обещаний. Три дня она не давала ответа. Когда же собралось войско, набранное графом Босуэлом, Гэнтли, Атолем, Маршалом и архиепископом Сент-Андрейским, она сбросила маску и 16 марта издала прокламацию против бунтовщиков, которые осмелились обагрить кровью дворец и задержать там ее в плену. Желая раздробить силы врагов, она примирилась с Мерреем, Арджилем и другими на условии, что они не соединятся с убийцами Риччо. Последних она преследовала с неумолимым мщением. Мортон, Рутвен, Линдсей, Дуглас и более шестидесяти других лордов и дворян были преданы суду за участие в злодеянии. Королева пошла с войском на Эдинбург, где были заговорщики. Но последние бежали в Англию.
Войдя в столицу, Мария прежде всего запретила графу Леноксу[1] являться ко двору. Летингтон был лишен должности государственного секретаря, а Иосиф Риччо, брат убитого Давида Риччо, стал собственным секретарем королевы. Тело Давида Риччо было предано земле с большими почестями. Так как главные виновники убийства бежали из государства, то королева велела схватить и казнить второстепенных сообщников, карауливших входы дворца. Дарнлей, со своей стороны, должен был публично отречься от участия в убийстве Риччо. В прокламации, выпущенной 20 марта, он восстал против клеветы, приписывающей ему варварское убийство, совершенное в присутствии королевы, и преступный арест благороднейшей особы Ее Величества. Далее в прокламации говорилось, что он, король, в присутствии королевы и лордов тайного совета, ручаясь честью, заявил, что он ничего не знал об этой вероломной измене и не участвовал в ней ни советом, ни приказанием, ни одобрением. Но такое запирательство не возвратило расположения королевы. Оно принесло ему только бесчестье и привело в негодование его единомышленников. Предать их мщению королевы казалось заговорщикам самой подлой изменой. В наказание за предательство они доставили Марии Стюарт две подписанные Дарнлеем бумаги, где предполагалось отдать ему корону и убить Риччо. Раньше королева думала, что Дарнлей совершил переворот под влиянием ревности. Теперь же раскрылось все, и королева с презрением отвернулась от Дарнлея. Он казался ей неблагодарным мужем, коварным заговорщиком и низким лжецом. С этого времени она выказывала ему непреодолимое отвращение. Никто не мог помирить его с ней. Дарнлей был удален от двора.