Пожалуй, такого царского доверия не имел и Морозов. Патриарх получил право официально именоваться Великим Государем, а с отъездом царя на войну являлся фактическим правителем России. По сути, это означало вмешательство церкви в дела государства. Такое положение патриарха нравилось далеко не всем, причем как боярам, так и духовенству.
Годом ранее, точнее сказать, осенью 1653 года была официально объявлена война с Польшей и Литвой. Однако начало этих событий имело место гораздо ранее, в 1647 году, когда Богдан Хмельницкий поднял восстание против усиливавшегося польского влияния. После ряда громких побед, позволивших Хмельницкому взбунтовать всю Украину, в 1651 году запорожские казаки потерпели поражение и вынуждены были просить мира. Условия договора оказались такими, что мир не мог быть долгим.
Алексей Михайлович не спешил вмешаться в украинские дела. Ему не нравился союз Хмельницкого с крымскими татарами, против которых часто приходилось посылать донских казаков. Однако когда гетман обратился к нему с просьбой принять Украину под русское крыло, царь согласился и объявил Речи Посполитой войну. Впрочем, сборы в поход оказались долгими. Лишь в мае 1654 года русское войско выступило к Смоленску.
Царь, ревностно соблюдавший все церковные обряды, обратил свой взор на духовных лиц в поисках друга и советчика (неизв. худ., XVII в.)
С началом войны Государь, стремясь быть в гуще событий, подолгу отсутствовал в столице. Но драка оказалась затяжной, вдобавок в нее вмешались шведы. Усиление беспокойных северных соседей не входило в планы Алексея Михайловича. Летом 1656 года русские полки двинулись в Ливонию, взяли Дерпт и осадили Ригу.
К осени того же года все участвующие в войне стороны оказались изрядно истощены. Кончались деньги и припасы, войска устали. После заключения Виленского перемирия царь в ноябре 1656 года вернулся в Москву. Несмотря на нехорошие слухи, он не стал вмешиваться в дела патриарха-соправителя. К весне возобновилась война со шведами, и царь снова уехал в войска. В Ливонии схватки длились еще два года и закончились трехгодичным перемирием. Тем временем на Украине умер Хмельницкий, что сулило России лишь новую большую смуту.
Алексей Михайлович вернулся в столицу и обнаружил, что властолюбивый Никон в его отсутствие совсем уж свыкся с ролью Великого Государя. Патриарх заговорил о первенстве церковной власти и о несовершенстве Соборного уложения. По его мнению, оно позволяло светской власти слишком уж глубоко запускать руки в дела церкви. Такого от друга и соратника царь никак не ожидал. Да и отвык он за годы войны опираться на патриаршее слово, поэтому посмотрел на все это немного более отстраненным взглядом.
Алексей Михайлович явно охладел к Никону, перестал звать его на приемы, да и сам начал пропускать торжественные богослужения в Успенском соборе. Царедворцы, чутко державшие нос по ветру, тоже начали сторониться патриарха, да еще и нашептывать Государю как правду, так и небылицы, наводя тень на Никона. Противники патриарха стали гораздо смелее перечить ему.
Самолюбивый иерарх не сдержался и прямо во время проповеди заявил, что слагает с себя исполнение патриарших обязанностей, после чего удалился в Новоиерусалимский Воскресенский монастырь. Он полагал, что царь раскается в том, что отвернулся от него, и призовет обратно. Но этого не случилось. Патриарх переоценил свое влияние на Государя. Более того, видя, что Никон продолжает упорствовать, царь стал задумываться о том, нужен ли русской церкви такой владыка.
Тем временем на Украине разгоралась новая смута. Она привела к возобновлению войны с Польшей и союзным ей Великим княжеством Литовским.
Положение в государстве усугублялось неудачей монетной реформы, начатой в 1654 году, вскоре после объявления войны. Реформа не была царской блажью. Тогдашняя денежная система сильно тормозила как крупные сделки, так и розничную торговлю. Для первых монеты были слишком мелкими, для вторых — наоборот. Дополнительную сложность создавало то, что все монетное сырье было импортным.
Население встретило новые монеты, перечеканенные из имевшихся в казне талеров-ефимков, настороженно и принимало их неохотно. Попытка заместить серебро медью позволила наполнить опустошенную войной казну, но привела к Медному бунту 1662 года.
Неизвестно, о чем думал и на что надеялся Никон в своем добровольном изгнании, но Алексей Михайлович на провалы в памяти не жаловался и не забыл о строптивом патриархе. Большой Московский церковный собор, собравшийся в 1666 году, поддержал все реформы, затеянные Никоном, но в противостоянии царя и патриарха встал на сторону Государя.
«Великий собор» снял с Никона патриаршество и отправил его в ссылку в монастырь (худ. С. Д. Милорадович, 1905)