В августе 1991 г. Путин сыграл определенную роль в непростых переговорах, которые Собчак тогда вел с руководством ленинградского КГБ, стремясь добиться (и добившись) нейтралитета КГБ в противостоянии демократических городских властей и ГКЧП. В ходе этих переговоров были оговорены гарантии для чекистов на случай победы демократов. После 21 августа главный ленинградский чекист и гэкачепист Анатолий Курков - "очень порядочный, кстати сказать, человек", по мнению Путина,22
- не только не подвергся репрессиям, но продолжал занимать пост начальника КГБ по Ленинграду и Ленинградской области вплоть до конца ноября 1991 г., когда, уйдя в действующий резерв КГБ, переместился в сферу банковского бизнеса. На его место Собчак, не взирая на протесты бывших диссидентов, пролоббировал друга Путина Виктора Черкесова, про которого сам же говорил: "Черкесов на службе у тех, кому принадлежит власть. Речь идет о людях, для которых "законность" и "демократия" просто лишены смысла. Для них существуют лишь приказы, а законы и права являются для них препятствиями". Но так как Собчак считал, что КГБ контролирует город, он исходил из того, что без КГБ управлять нельзя.С июня 1991 г. при каждой реорганизации органов власти Санкт-Петербурга роль и влияние Путина только возрастают. После ликвидации ГКЧП Путин подписывает заявление об отставке из КГБ, выходит из коммунистической партии, членом которой он, разумеется, был, и в звании подполковника переводится в действующий резерв КГБ. В конце 1991 г. его назначают заместителем мэра Санкт-Петербурга с сохранением за ним поста председателя КВС.
С 1992 г. во время частых поездок за границу Собчак стал оставлять вместо себя "на хозяйстве" именно Путина (который, правда, за границей тоже проводил очень много времени). Факсимиле с подписью Собчака находилось именно у Путина, и в отсутствие мэра он всегда принимает самостоятельные решения.23
Путин даже рассказывал, что, уезжая, Собчак оставлял ему чистые листы со своей подписью.24 При этом Путин максимально старался находиться в тени, оставляя все представительские функции Собчаку; избегал излишней саморекламы, редко выступал по телевидению и в прессе. Правда, имидж "серого кардинала" можно было объяснить и тем, что публичные выступления Путину всегда давались тяжело. Когда изредка Путину приходилось выступать перед Законодательным собранием Санкт-Петербурга, его речи с трибуны звучали кратко и жестко. Путин просто боялся говорить долго и прикрывал жесткостью отсутствие какого-либо ораторского мастерства. Собчак как-то рассказывал: "Пришел Путин с собрания, я его таким никогда не видел, почему-то весь синий и, кажется, на несколько килограммов похудел!"Постепенно Путин замкнул на себя вопросы не только внешнеэкономической деятельности, но также многие другие важные направления политической и хозяйственной жизни города. В частности, он координировал работу всех силовых ведомств города, включая ГУВД Санкт-Петербурга и Ленинградской области, Управление административных органов, Управление гостиниц, Управление юстиции, Регистрационную палату, Управление по связям с общественностью (руководитель - Александр Беспалов). В итоге в мэрии сложилось неписаное правило - все ключевые решения должны были пройти экспертизу Путина. И Собчак большое значение придавал тому, чтобы проекты его распоряжений и постановлений были отмечены резолюцией его заместителя. Путину была поручена также комиссия мэрии по оперативным вопросам. Депутаты, присутствовавшие на заседаниях городского правительства, когда на них председательствовал Путин, отмечали, что, в отличие от Собчака, Путин вел заседания "по-деловому и эффективно".
16 марта 1994 г. Собчак в ходе очередной реорганизации учредил в Санкт-Петербурге городское правительство, став его председателем. Первым заместителем председателя правительства Санкт-Петербурга, заместителем мэра по международным и внешнеэкономическим связям и председателем КВС был утвержден Путин. Было создано несколько позиций первых вице-премьеров. Первыми вице-премьерами кроме Путина стали будущий мэр Санкт-Петербурга Владимир Яковлев (председатель Комитета мэрии по городскому хозяйству) и будущий министр в правительстве президента Путина Алексей Кудрин (председатель Комитета по экономике и финансам). Вице-премьерами стали Валерий Малышев (руководитель аппарата правительства), Виталий Мутко (председатель Комитета мэрии по социальным вопросам), Михаил Маневич (председатель Комитета по управлению городским имуществом - КУГИ) и Олег Харченко (председатель Комитета градостроительства и архитектуры - КГА).
В том же году, несколько позже, название должности Путина было еще раз видоизменено: первый заместитель мэра Санкт-Петербурга - председатель КВС правительства Санкт-Петербурга (первыми заместителями мэра - председателями комитетов правительства стали также В. Яковлев, А. Кудрин и В. Малышев).