На учредительном съезде НДР 12 мая 1995 г. в Москве Путин вошел в Политический совет НДР из 126 человек, а руководителем санкт-петербургского НДР оставался до лета 1997 г. 21 июня 1997 3-я конференция Санкт-Петербургского регионального отделения НДР удовлетворила его просьбу об освобождении от должности в связи с переездом в Москву и назначением на пост руководителя Главного контрольного управления (ГКУ) администрации президента. Новым председателем регионального совета НДР стал президент ОАО "Ленинец" Анатолий Турчак; в 1999 г. его сменил президент ЗАО "Петербургская топливная компания" (ПТК) Андрей Степанов. С 2000 г. руководителем санкт-петербургского НДР был ректор Горной академии Владимир Литвиненко. И первый, и второй, и третий были ставленниками Путина. Членом Политсовета НДР Путин формально оставался вплоть до избрания его президентом в 2000 г., хотя не присутствовал на съездах НДР, начиная с VII съезда 1999 г.
Летом- осенью 1995 г. Путин руководил проведением кампании НДР по выборам в Государственную думу второго созыва. Избирательная кампания НДР в 1995 г. была пышной и дорогостоящей. Путину во время этой избирательной кампании удалось привлечь в избирательный фонд НДР 1 млрд 100 млн неденоминированных рублей, предоставленных по большей части санкт-петербургскими банками (тогда как из центрального избирательного штаба НДР было перечислено только 15 млн рублей). Особенно жителям Санкт-Петербурга запомнилась избыточная многочисленность цветных плакатов с изображением Черномырдина на дорогих рекламных стендах -до пяти одинаковых плакатов на одном стенде и по 10-15 плакатов на заборе (впрочем, то же самое было в Москве). Сам Путин объяснял это тем, что рекламная продукция была ему в изобилии предоставлена федеральным руководством НДР, а "кашей масла не испортишь" и "не пропадать же плакатам".
Тем не менее сами выборы были НДР проиграны. "Партия власти" НДР смогла выставить своего кандидата (Алексея Александрова) только в Северо-Западном округе, в одном из 8-ми городских округов, причем выдвиженец Путина проиграл выборы кандидату от "Яблока" Анатолию Голову. По пропорциональной системе список НДР занял в городе третье место (12,78% голосов), после "Яблока", получившего 16,03% и КПРФ, получившей 13,21%; и немного опередив блок "ДВР - Объединенные демократы" (12,37%). По списку же, по его региональной части, НДР получила в Санкт-Петербурге всего два мандата, доставшиеся А. Александрову и супруге мэра Людмиле Нарусовой. Еще один член петербургской НДР - бывший председатель КУГИ Сергей Беляев - стал депутатом по федеральной части списка НДР.
В марте 1996 г. Путин вошел в штаб Санкт-Петербургского отделения движения общественной поддержки президента, в которое объединились организации, выступавшие за переизбрание Ельцина на пост президента. По этому поводу лидер петербургского "Яблока" и доверенное лицо кандидата Г. Явлинского Игорь Артемьев (ныне антимонопольный министр в правительстве президента Путина) направил заявление в городскую прокуратуру, утверждая, что участие Путина в работе отделения нарушает закон "Об основных гарантиях избирательных прав граждан", в частности, ограничение, направленное на "воспрепятствование использованию служебного положения отдельными должностными лицами в целях создания преимуществ для отдельных кандидатов". Прокуратура не дала ход этому заявлению, приняв к сведению официальное разъяснение Путина, что он вошел в Движение не как первый вице-мэр, а как руководитель региональной организации НДР.
Возглавляя весной 1996 г. региональный штаб Движения и НДР по выборам Ельцина, Путин одновременно занимался избирательной кампанией Собчака по выборам на пост губернатора Санкт-Петербурга. Именно Путину Собчак поручил убедить депутатов городского Законодательного собрания перенести выборы с 16 июня на 19 мая, чтобы скомкать избирательную кампанию соперников, из которых наиболее опасным тогда представлялся Юрий Болдырев. Как рассказывает Вишневский, ранним утром 13 марта Путин привез в Законодательное собрание президентский указ, разрешающий провести выборы 19 мая и проект решения Собрания о переносе выборов. На протяжении недели Путин буквально "выкручивал руки" городскому парламенту: кого-то уговаривал, кому-то откровенно обещал руководящую должность в мэрии, кого-то просил смириться с неизбежным.25
Усилиями Путина 20 марта - в последний день, когда еще можно было легально перенести выборы - большинство депутатов проголосовало за 19 мая. При этом председательствовавший на заседании первый вице-спикер С. Миронов откровенно фальсифицировал кворум, которого на самом деле не было.Впрочем, это мелкое жульничество Собчаку и руководившим его избирательной кампанией Путину и Кудрину не помогло. Собчак проиграл выборы Яковлеву.