В 1649 году годуновский собор рухнул от взрыва хранившегося в его подклетях пороха. В 1650 – 1652 годах было возведено существующее в настоящее время здание. Троицкий храм является типичным монастырским собором XVII века, четырехстолпный, пятиглавый, с закрытой галереей с трех сторон. Внутри храм и галереи расписаны фресками, которые выполнялись в 1685 году живописцами под руководством костромичей Гурия Никитина и Силы Савина. Имена художников написаны в клейме-медальоне на северной стене собора.
Многоярусный резной золоченый иконостас великолепной работы выполнен в 1756 – 1758 годах группой большесольских резчиков. В иконостасе сохранились иконы XVIIи XVIII веков. В целом интерьер Троцкого собора оставляет ощущение виртуозно достигнутого единства архитектуры, живописи и прикладного искусства.
В 1603 – 1605 годах к западу от собора на средства Д. Годунова была построена стенообразная звонница, увенчанная первоначально тремя шатрами. Когда в 1647 году московским мастером Данилой Матвеевым был отлит колокол весом в 600 пудов, для него была возведена особая колокольня, которая представляла собой квадратную башню, пристроенную с севера к основному объему звонницы. Из 19 колоколов, висевших на башне в XVII веке, в 1700 году часть по указу Петра I была перелита на пушки.
В палатах Ипатьевского монастыря расположилась экспозиция Костромского историко-архитектурного музея-заповедника. Рядом с монастырем, в принадлежавшей ему слободе, стоит церковь Иоанна Богослова, сооруженная в 1681-1687 годах. Это типичный памятник верхневолжского зодчества второй половины XVII века, пятиглавый, с высокой шатровой колокольней, украшенной многоцветными изразцами и наличниками с трехзубыми кокошниками. Внутри церковь расписана в 1735 году костромскими мастерами во главе с Федором Логиновым. В иконостасе церкви, выполненном в XIX веке, сохранились иконы конца XV-XVIII веков, в том числе подписанные работы костромских мастеров Ивана Липина и Никиты Вощинина.
В деревне Некрасово, которая находится в нескольких километрах от монастыря, на берегу озера стоит небольшая каменная шатровая часовня. Это памятник в честь победы над ордынскими завоевателями, одержанной здесь в 1262 году. Часовня возведена в 20 – 30-х годах XVIII века на месте более древней деревянной. Внутри часовни сохранились современные ей фрески, посвященные легенде о событиях XIII века и битве на Святом озере.
Рядом с монастырем на территории его Нового города расположен Музей деревянного зодчества, в котором собраны памятники народной архитектуры XVI – XIX веков со всех концов области, издавна известной мастерством своих плотников. Здесь находятся такие шедевры народного творчества, как церковь Собора Богородицы из села Холм, построенная в 1552 году в честь взятия Казани.
По преданию, эта восьмигранная постройка, увенчанная тесным пятиглавием на постаменте из «бочек» и окруженная галереей – гульбищем, срублена плотниками братьями Папилой и Карпом.XVI столетием, но с перестройками в XVIII веке, датируется и маленькая Ильинская церковь из Верхних Березников с росписями XVIII века в интерьере.
На территории Нового города высоко взметнула свои кровли Спасо-Преображенская церковь из села Вежи, с родины некрасовсовского деда Мазая. До того как церковь перенесли в музей, она стояла на низком лугу, который каждый год по весне затоплялся водой. Поэтому безвестные зодчие, срубившие ее в 1628 году, возвели постройку на сваях.
Храм относится к древнейшему типу деревянных церквей. Это «клетская» постройка из трех срубов, подобных избам, только алтарь в плане не прямоугольный, а шестигранный. Но строители возвели очень крутую кровлю, чем сделали постройку оригинальной и нарядной.
На волжском берегу стоит целый ряд и более поздних построек: клетская церковь из села Фоминское (1721) с высокой шатровой колокольней и красивым, на две стороны крыльцом с запада; крошечная избушка – часовня из села Юркино (XIX); стройная восьмигранная часовня XVIII века из села Большое Токарево.
В Музее деревянного зодчества находятся также жилые и хозяйственные постройки XIX века: ветряные мельницы из Малого Токарева, которые в былые времена составляли неотъемлемую часть деревенского пейзажа; водяная мельница из деревни Нюрог, житница из деревни Мухино, овин из деревни Пустынь, свайные баньки из деревеньки Жарки и др.
Замечательным памятником жилой деревянной архитектуры является памятник дом Ершова из деревни Портюг. Построенный в 1860-х годов, по размеру и планировке он схож с огромными северными избами. Внутри дома Ершова воссоздана обстановка крестьянского быта XIX века.
Памятники зодчества на посаде