В 1929 г. по инициативе советской местной администрации монастырь закрыли. В нем разместили МТС (машинотракторную станцию), в Макарьевской и Успенской церквях, а в братском корпусе устроили общежитие для трактористов. В 1930-е гг. с колокольни Благовещенской церкви сбросили колокола, ликвидировали монастырское кладбище, вырубили фруктовый сад, разобрали монастырскую стену ради кирпича для постройки городской бани, ликвидировали архив и монастырскую библиотеку, сожгли иконостасы и иконы, кощунственно вскрыли и конфисковали святые мощи Макария Унженского (пребывавшие в Троицком соборе в богатой раке). В атеистическом лихолетье пропали долго хранившаяся в этом монастыре чудотворная Макарьевская икона Божией Матери (список с чудотворной иконы, явившейся в 1442 г. преподобному Макарию, сделанный его учениками; изображение на этой иконе напоминало икону Смоленской Богоматери «Одигитрия») и древняя чтимая икона преподобного Макария Унженского. В 1960-е гг. начали ремонтно-реставрационные работы в закрытом монастыре, но они велись крайне медленно, результаты были минимальными и едва заметными.
В 1993 г. монастырь возродился как религиозный центр, но, в отличие от первоначального, монастырь стал женским. В начале XXI в. в нем жили 13 сестер, сейчас – больше. В 1995 г. монастырю вернули святые мощи преподобного Макария Унженского и Желтоводского, являющиеся снова главной святыней этого монастыря. Сохранился и источник, точнее колодезь, ископанный преподобным Макарием, всегда наполненный прозрачной водой и почитаемый святым. Для паломников имеется гостиница. Паломники и экскурсанты осознают, что жизнь этого монастыря тесно связана с земной жизнью двух ярких русских святых – монаха Макария Унженского и Желтоводского, а также епископа Митрофана Воронежского.