Царствует Василий Иоаннович Шуйский, а смута не утихает: является второй самозванец, метко заклейменный в истории именем "Тушинского вора". Святитель Гермоген уже на престоле патриаршем. Он мужественно стоит против смутьянов. Он посылает к мятежникам для увещания Крутицкого митрополита Пафнутия. Он рассылает по городам грамоты, в которых извещает о гибели первого самозванца-еретика Гришки Отрепьева, о перенесении св. мощей Царевича Димитрия в Москву, о воцарении Шуйского - Царя благочестивого и поборателя по православной вере. Он предупреждает, что явился новый самозванец, и требует от духовенства, чтобы грамоты были по нескольку раз прочитаны народу при служении молебнов о здравии и спасении Богом венчанного Государя. Так он старался утвердить в умах и сердцах тогдашних русских людей верность законному Царю. И его слова ложились на добрые русские сердца, и многие отстали от самозванца и вернулись на службу к Василию Иоанновичу.
Чтобы еще более рассеять туман смуты в умах, Царь и Святитель Гермоген вызвали из Старицы бывшего Патриарха Иова, чтобы он даровал народу разрешение от грехов -нарушения крестного целования и измены. 20 февраля 1607 года в Успенском соборе произошло всенародное покаяние пред престарелым Патриархом Иовом, который разрешил виновных в клятвопреступлениях и изменах. На многих это подействовало благотворно, но не на всех. Смута развратила умы до того, что люди забывали долг свой в отношении к родине, к родной Церкви и переходили на сторону второго самозванца -Тушинского вора, несмотря на то, что он вовсе даже не был похож на первого Лжедимитрия (говорят, это был просто - жид из Польши). Этого бродягу сопровождали иезуиты, которым был дан наказ действовать осторожнее, чем при первом самозванце, в деле распространения унии и латинства в России. Иезуиты должны были удалять от самозванца русских людей, окружая его католиками и униатами, всячески склонять бояр к измене православию, заводить в России католические и униатские школы, строить костелы, изгонять из России греков и пр. Конечно, все это тщательно укрывалось от всех русских людей, но прозорливый Патриарх раньше других разгадал лукавые цели поляков. Он еще ревностнее стал поддерживать Царя Василия Иоанновича, как защитника православия. Он не останавливался даже пред анафемою против изменников Царю и отечеству. В 1609 году мятежники вытащили его на Лобное место среди Красной площади и, тряся его за ворот, бросая ему песок в лицо, требовали, чтобы он присоединился к ним для низложения Царя Василия Иоанновича с престола, ссылаясь на то, что этот Царь был избран одною Москвою, без участия других городов, и что из-за него льется кровь многая. Но Патриарх решительно сказал изменникам: "Досель ни Новгород, ни Псков, ни Тверь, ни Астрахань, ни другие города Москве не указывали, а Москва всем им указывала; а что кровь льется - то не вина Царя". Твердость первосвятителя способствовала тому, что крамольный замысел на сей раз не удался, а заговорщики убежали в Тушино. Тогда Патриарх и туда отправил свою грамоту. " Обращаюсь к вам, бывшим православным христианам всякого чина и возраста, - писал он, - а ныне не ведаем, как и назвать вас, ибо вы возненавидели правду, отпали от соборной и Апостольской Церкви, отступили от Бога и святым елеем помазанного Царя, вы забыли обеты православной веры нашей, в которой мы родились, крестились, воспитались, возрастали; преступили крестное целование и клятву - стоять до смерти за дом Пресвятыя Богородицы и за Московское государство и пристали к ложно-мнимому царику вашему. Болит моя душа, ноет сердце, я плачу и с рыданием вопию: помилуйте, братия и чада, свои души и своих родителей, отошедших и живых, посмотрите, как отечество расхищается и разоряется чужими, какому поруганию предаются св. иконы и церкви, как проливается кровь неповинных, вопиющая к Богу. Вспомните, на кого вы поднимаете оружие: не на Бога ли, сотворившего вас, не на своих ли братьев? Не свое ли отечество разоряете? Заклинаю вас именем Господа Бога, отстаньте от своего начинания, пока есть время, чтобы не погибнуть вам до конца, а мы, по данной нам власти, примем вас кающихся, и упросим Государя простить вас: он милостив..."
Увы, и этот трогательный отеческий призыв не имел успеха.
Что сказал бы святитель Божий, если бы он ныне встал из гроба своего к нынешним " бывшим христианам" - смутьянам всякого чина и возраста? Не повторил ли бы он свои грозные слова: " Не ведаем, как и назвать вас, отступники от Бога и Апостольской Церкви, изменники Царю - Божию Помазаннику, приставшие - не к Тушинскому вору, а к еще более постыдному "ложно-мнимому царику" - современному "прогрессу", под которым укрывается заклятый враг христианства и всего человечества - масонство, руководимое теми, которые некогда сами на себя призвали небесное проклятие, когда взывали: "Кровь Его на нас и на чадах наших!" Болит моя душа, ноет сердце, я плачу и рыдаю... Заклинаю вас именем Господа Бога: пожалейте себя, пожалейте отечество!"...