Согласно официальным данным Министерства обороны России, приведенным в справочнике «Россия и СССР в войнах XX века. Потери вооруженных сил», численность советских войск в составе 3-го Украинского фронта к началу Балатонской операции составляла 465 тыс. человек. Безвозвратные потери составили 8492 человека (к сожалению, не указано, сколько было убитых, а сколько — пропавших без вести), санитарные — 24 407 человек, а всего — 32 899 человек. По советским оценкам, немецкие потери в Балатонском сражении в феврале — марте 1945 года составили до 45 тысяч солдат и офицеров, около 500 танков и штурмовых орудий, до 300 орудий и минометов, почти 500 бронетранспортеров и 250 самолетов. Немцы взяли 4400 пленных. Если принять близкими к истине немецкие данные о 4400 пленных, то количество погибших можно оценить в 4092 человека. Получается, что раненых было в шесть раз больше, чем убитых (доля больных в санитарных потерях во время ожесточенных боев была пренебрежимо мала). Обычно же количество раненых превышает число убитых в 3–4 раза. Если допустить, что на самом деле превышение раненых над убитыми в советских войсках в Балатонском сражении было хотя бы четырехкратным, это увеличит число убитых как минимум на 6 тыс. человек. Надо также учесть, что в состав 3-го Украинского фронта входила 1-я болгарская армия, насчитывавшая около 100 тыс. человек и также понесшая определенные потери убитыми и ранеными.
К моменту начала 16 марта 1945 года Венской наступательной операции состав 3-го Украинского фронта значительно увеличился. В его состав была введена свежая 9-я гвардейская армия из резерва Ставки. Число стрелковых дивизий возросло до 42, добавились 4 воздушно-десантные дивизии, число танковых корпусов возросло с 2 до 3, число механизированных корпусов — с 1 до 2, а число кавалерийских дивизий и укрепленных районов осталось прежним — соответственно, 3 и 1. Кроме того, фронт получил дополнительно одну отдельную механизированную и одну отдельную самоходно-артиллерийскую бригаду. Общая численность войск фронта возросла до 536 700 человек. Если принять танковый и механизированный корпуса равными по численности полнокровной стрелковой дивизии, а две бригады приравнять по численности к одной дивизии, то с момента начала второго Балатонского сражения до момента начала Венской операции общая численность расчетных дивизий возросла с 43,5 до 55,5 (укрепленный район мы принимаем равным половине дивизии), не считая 1-й болгарской армии. При этом вновь прибывшие соединения и части армейского подчинения 9-й гвардейской и 6-й гвардейской танковых армий были значительно более полнокровными, чем соединения, уже находившиеся в составе 3-го Украинского фронта. Только за счет пополнения новыми соединениями численность войск 3-го Украинского фронта по сравнению с той, что была к 6 марта 1945 года, к 16 марта должна была увеличиться как минимум на 27,6 %. И это без учета маршевых пополнений. Если бы не было потерь в Балатонской операции, войска 3-го Украинского фронта насчитывали бы к 16 марта, т. е. ко дню начала Венской операции, около 593,3 тыс. человек, в составе же фронта оказалось только 536 700 человек. Таким образом, без учета маршевых пополнений, общие советские потери можно оценить как минимум в 56,6 тыс. человек.
Опыт показывает, что основная масса недоучета потерь в Красной Армии в годы Великой Отечественной войны приходилась на безвозвратные потери (убитыми и пропавшими без вести), которые учитывались гораздо хуже, чем санитарные потери. Если предположить, что весь недоучет в случае второго Балатонского сражения приходится на безвозвратные потери Красной Армии, то их общий размер можно оценить в 23,7 тыс. Если вычесть из этой цифры 4,4 тыс. пленных, то на долю убитых приходится 19,3 тыс. человек.
Потери 1-й болгарской армии во втором балатонском сражении можно оценить следующим образом. Всего болгарские войска во время боевых действий на стороне Антигитлеровской коалиции потеряли около 7 тыс. убитыми и около 25 тыс. ранеными. Основные потери 1-я болгарская армия понесла в трех операциях — Будапештской, Балатонской и Венской. В Венской операции она потеряла 2698 убитых и пропавших без вести и 7107 раненых. Можно предположить, что оставшиеся потери пришлись на две другие операции, в которых роль болгарских войск была сугубо вспомогательной. В Будапештской операции болгары сражались в 6 раз дольше, чем в Балатонской, но в последней они испытали значительно более сильный удар со стороны немцев. Поэтому можно предположить, что потери армии в двух этих операциях были примерно одинаковыми. Тогда на долю второго Балатонского сражения придется примерно 2,15 тыс. убитых и пропавших без вести и около 9 тыс. раненых болгар.