Данных о потерях югославской армии во втором Балатонском сражении нет. Поскольку ее боевая активность была небольшой, предположим, что ее потери были вдвое ниже потерь болгарской армии. Тогда ее потери можно оценить в 1,1 тыс. убитых и 4,5 тыс. раненых. В этом случае общие потери советской стороны с учетом потерь болгар и югославов составят 73,4 тыс. человек, в том числе безвозвратные — 27 тысяч.
Немецкие потери нам известны только в советской оценке — 45 тыс. человек, без подразделения на убитых и раненых. Если предположить, что наступающие немецкие войска почти не понесли потерь пленными, то можно предположить, что санитарные и безвозвратные потери у немцев и венгров соотносились примерно как 3:1. Тогда потери германо-венгерских войск убитыми и пропавшими без вести можно оценить в 11,3 тыс. убитых и пропавших без вести. В этом случае соотношение общих потерь советско-болгарско-югославских войск и германо-венгерских войск во втором Балатонском сражении будет 1,6:1, а безвозвратных потерь — 2,4:1. Оно оказывается неблагоприятным для советской стороны.
Слабым местом советской противотанковой обороны традиционно явилась низкая стойкость пехотного прикрытия, которое часто не выдерживало даже первоначальных ударов немецких танков и беспорядочно отступало. Значительную часть пополнения 3-го Украинского фронта, как и других советских фронтов в последние два года войны, составляли призывники из освобожденных областей, практически не обученные военному делу. Это также существенно понижало боеспособность советских войск. Все это, равно как и недостатки управления и взаимодействия, привело к большим людским потерям.
Несомненно, в Венской наступательной операции соотношение потерь было гораздо более благоприятным для Красной Армии, прежде всего за счет больших потерь венгерских войск убитыми и пленными. А успех Венской операции был во многом обеспечен стойкой обороной армий 3-го Украинского фронта в ходе Балатонской оборонительной операции. О больших потерях немецкой бронетехники в период Венской операции, когда немцам, в частности, пришлось бросить почти все танки и штурмовые орудия, поврежденные в ходе второго Балатонского сражения, уже говорилось выше. Из 1024 танков и САУ немецко-венгерских войск, участвовавших в Балатонском сражении, а также противостоявших советским войскам на первом этапе Венской операции, когда боевые действия разворачивались на территории Венгрии, 515 были уничтожены огнем артиллерии, а 185 захвачены в исправном состоянии. Эта была в основном техника, брошенная при отступлении.
По свидетельству С. М. Штеменко, передаваемом в биографии бывшего командующего начальника артиллерии 3-го Украинского фронта М. И. Неделина, написанной В. Ф. Толубко, когда, уже после взятия Вены, генерал-полковник артиллерии Неделин был представлен к званию Героя Советского Союза, Толбухина и особенно Неделина в Ставке Верховного Главнокомандования обвинили в больших неоправданных потерях в ходе Балатонской оборонительной операции, в результате которой фронт лишился значительного числа людей, артиллерии и танков. Правда, звезду Героя Митрофан Иванович тогда все-таки получил. По словам Штеменко, И. В. Сталин, получив от Ф. И. Толбухина материалы Венской операции и изучив, вызвал в свой кабинет А. М. Василевского и С. М. Штеменко и сообщил им:
«Совершенно очевидно, что артиллерия 3-го Украинского в Балатонской операции блестяще выполнила свои задачи. Да и потери немцев намного превышают наши. Штаб артиллерии фронта поработал хорошо, а Неделин руководил войсками умело, с большим пониманием обстановки. Я думаю, что командующий артиллерией достоин звания Героя Советского Союза». Ясное дело, маршал и генерал-полковник постарались убедить Сталина, что враг потерял гораздо больше, чем наши войска, по крайней мере в бронетехнике. Да и немецко-венгерские потери в людях, если верить донесениям 3-го Украинского фронта, были больше советских — 45 тысяч против 33. Вот только Толбухин звание Героя Советского Союза получил посмертно, в 1965 году. Выходит, не так уж доволен был Сталин своими генералами и маршалами, сражавшимися у Балатона, как о том писал в дневнике Геббельс.
Этот эпизод — свидетельство также о том, что официальные данные о советских потерях во втором Балатонском сражении существенно занижены. Ведь, согласно этим данным, среднесуточные безвозвратные потери советских войск составляли 849 человек, или 0,18 % от общей численности участвовавших в сражении армий. Между тем в Венской операции размер среднесуточных безвозвратных потерь на том же 3-м Украинском фронте, по тем же официальным, явно заниженным данным, составил 1060 человек, или 0,20 % от общей численности войск фронта, т. е. был заметно выше, чем в Балатонском сражении. Однако гнева Сталина это обстоятельство не вызвало, и за Венскую операцию Сталин маршалов не ругал.