Первейшей проблемой нового премьера стал Северный Кавказ. Отставку Степашина многие связали тогда с тем, что тот не смог предотвратить резкое обострение ситуации в Дагестане. 2 августа 1999 года в республику вторглись отряды исламских экстремистов под предводительством Басаева и Хаттаба и захватили власть в двух горных районах. Они установили тесные связи с Чечней. Выяснилось, что речь идет о создании независимого исламского государства на Северном Кавказе и на стороне экстремистов воюют наемники из различных стран мира. Политическую, военную и финансовую поддержку террористам оказывали стоявшее тогда у власти в Афганистане движение «Талибан» и связанные с ним структуры во многих странах мира, прежде всего террористическая организация Усамы бен Ладена «Аль-Каида». В Дагестане регулярно гремели взрывы, экстремисты вели настоящую охоту за представителями государственной власти. Слабость власти привела к разгулу обычного бандитизма. Людей на Северном Кавказе обращали в рабство, держали в подземных тюрьмах, требуя выкуп. Дошло до того, что людей стали захватывать даже в Москве. Терпеть этого больше не было никакой возможности.
Новый премьер сразу же распорядился ввести в Дагестан войска. Одновременно было резко увеличено денежное довольствие солдат и офицеров, воюющих на Кавказе, налажено снабжение войск. В августе армейская группировка под командованием генерала Г. Трошева начала военную операцию против укрепившихся в Дагестане экстремистов. На этот раз ее поддержали практически все политические силы страны.
Между тем обстановка в стране становилась все более напряженной. 5 сентября чеченские боевики прорвали охраняемую войсками чечено-дагестанскую границу и попытались организовать наступление на Махачкалу. Только энергичные действия командующего Северо-Кавказским военным округом генерала Казанцева спасли положение. 9 сентября в Москве был взорван многоэтажный жилой дом, 13 сентября – еще один. До этого (летом) были взрывы многоэтажных домов в Дагестане, взрыв в подземном торговом комплексе «Манеж» в Москве (ответственность за него взяли на себя левые радикалы). Погибли сотни людей. Эти взрывы общество расценило как вызов государственной власти и сразу же связало с чеченскими экстремистами. На улицах появились военные патрули, а жители «спальных» районов начали организовывать ночные дежурства. 16 сентября был взорван многоэтажный дом в Волгодонске.
1 октября правительство объявило о вводе войск в Чечню с целью «создания зоны безопасности». Началась вторая чеченская война. Новый премьер жестко обрисовал ситуацию: «Россия защищается: на нас напали». Это были не просто слова – осенью 1999 года российские спецслужбы могли предъявить доказательства связей чеченских боевиков и международных террористических организаций. К зиме, после тяжелых боев за Грозный, чеченские вооруженные формирования, оказывавшие отчаянное сопротивление, были оттеснены в горы. Высаженный в горах десант прочно перекрыл их связи с внешним миром. Однако боевики по-прежнему пользовались поддержкой правительств Западной Европы и широких кругов общественности Запада, расценивающих происходящее в Чечне как национально-освободительное движение. Это создавало России немало проблем в отношениях с западными партнерами.
Ю. Лужков
А. Кудрин
Политическая жизнь страны в 1999 году была подчинена предстоящим парламентским и президентским выборам. К осени основные политические силы распределялись следующим образом: левоцентристская оппозиция, лидерами которой стали экс-премьер Е. Примаков и мэр Москвы Ю. Лужков, сформировала влиятельный блок «Отечество – вся Россия» (ОВР); коммунисты, ставшие основой блока патриотических сил «За победу!»; Союз правых сил, собравший вокруг себя сторонников реформ. Особняком стояли либеральные демократы В. Жириновского и леволиберальное «Яблоко» Г. Явлинского. Непосредственно перед выборами в Думу был сформирован пропрезидентский блок «Единство» во главе с чрезвычайно популярным главой Министерства по чрезвычайным ситуациям С. Шойгу. Перед «кремлевским» блоком была поставлена задача выиграть выборы во что бы то ни стало, ибо политические оппоненты – прежде всего коммунисты и ОВР – прямо призывали к пересмотру итогов приватизации.