В.Кингисепп принимал активное участие в ломке старого государственного аппарата, в организации советского государства. По его предложению рабочие Таллина разогнали буржуазный «маапяэв» – губернский земский совет, который саботировал решения советской власти. Подпись В.Кингисеппа мы видим под постановлением о создании Революционного Трибунала. Он возглавил один из самых трудных участков работы – дело продовольственного снабжения населения. В январе 1918 года на съезде социалистических воинов В.Кингисепп был избран в состав Всеэстонского Совета социалистических войск, работу которого он стал возглавлять.
Согласно декрету II Всероссийского съезда Советов о земле сразу же началась национализация помещичьих имений. «Декрет о земле передал землю народу, – говорил В.Кингисепп, – в Эстонии этот декрет по решению и распоряжению Исполкома Советов будет осуществлен уже в ближайшие недели». Национализированные баронские имения передавались в распоряжение волостных Советов.
В.Кингисепп организовал вооруженные рабочие отряды и отправлял их на село – помогать батракам и беднякам национализировать имения. «У помещиков надо отобрать землю. Кто медлит с этим, тот враг народа, ибо он поддерживает контрреволюцию», – говорил В.Кингисепп.
К февралю 1918 года конфискация баронских имений в Эстонии была в основном завершена. У баронов было конфисковано более 2,4 миллионов га земли. Эстонское крестьянство освободилось от выплаты баронам аренды – деньгами и натурой, от расходов на покупку земли.
Но при проведении аграрной политики в Эстонии была допущена ошибка. Имения и их инвентарь не были поделены между батраками и бедняками. Предполагалось создать коммуны, где батраки и бедняки могли бы получить работу. Это затруднило укрепление союза рабочего класса с беднейшим крестьянством. Ошибка эта была присуща всему руководству Исполкома Советов Эстонии и эстонских партийных организаций. В.Кингисепп разделял эти взгляды. Здесь впервые и единственный раз В.Кингисепп сошел с ленинских позиций. Ошибка эта не была исправлена эстонскими коммунистами и в 1918–1919 годах – во время существования Эстонской трудовой коммуны. Буржуазия использовала эту ошибку по аграрному вопросу в своих интересах. Хотя эта ошибка и не была основной причиной временной реставрации капитализма в Эстонии (решающую роль здесь сыграла интервенция американо-английских империалистов), но она послужила серьезным уроком для коммунистов Эстонии. Она была исправлена Коммунистической партией Эстонии после восстановления советской власти в 1940 году.
В феврале 1918 г. германские империалистические войска оккупировали Эстонию. Отряды Красной гвардии отважно отражали натиск оккупантов, но под давлением превосходящих сил противника вынуждены были отойти. В.Кингисепп до последней возможности оставался на своем посту. В ночь на 24 февраля Исполком Советов Эстонии принял решение эвакуироваться.
В марте 1918 г. на IV Чрезвычайном Всероссийском съезде Советов В.Кингисепп был избран членом ВЦИК. После съезда он остался работать в Москве, вначале следователем Верховного трибунала, а затем во Всероссийской чрезвычайной комиссии по борьбе с контрреволюцией и саботажем (ВЧК). В ноябре он нелегально вернулся в Эстонию.
Перед возвращением в Эстонию Кингисепп опубликовал на эстонском языке в Петрограде свою брошюру «Кому независимость, кому иго». В ней со свойственной ему страстностью он разоблачает пособников немецких оккупантов – буржуазных националистов и их потуги создать «независимое» эстонское буржуазно-националистическое государство. (Буржуазные националисты 24 февраля после эвакуации советских властей из Таллина пытались провозгласить Эстонию «независимой республикой». Но на следующий день эстонское буржуазное правительство было разогнано вступившими в Таллин германскими войсками.) «Есть, – писал Кингисепп, – две независимости: независимость трудящихся и независимость буржуазии… Государственной формой независимости трудящихся является советская республика. Независимость буржуазии – это сговор с баронами, единая политика с классом капиталистов других стран». Кингисепп горячо был уверен в победе правого дела трудящихся. Советская власть в Эстонии лишь временно вынуждена была отступить. Но ее восстановление неизбежно, капиталистический строй обречен на погибель: «Ход истории порой так своенравен… Он вызывает вновь к жизни обветшалые социальные скелеты, чтобы их затем – новым порывом – совсем смести с исторической арены». Призывом: «Да здравствует Эстонская Советская Республика!» – заканчивает Кингисепп свою книгу.
Как и в 1912–1914 годах, В.Кингисепп активно сотрудничает в это время в газете «Правда».