В первые же дни войны партийные организации приступили к формированию в городах и уездах Эстонской ССР вооруженных истребительных отрядов и частей народного ополчения. В общей сложности в них насчитывалось более 10 тысяч человек. Истребительные батальоны вели борьбу с диверсантами противника, громили банды, созданные агентами гитлеровцев – буржуазными националистами.
В начале июля 1941 года немецко-фашистские войска вторглись в пределы Эстонской ССР. Вместе с частями Красной Армии родную землю отважно обороняли эстонские истребительные батальоны. Каждый свой шаг враг оплачивал кровью.
Хотя мобилизация в Эстонской ССР была объявлена с опозданием, в ряды Красной Армии и Военно-Морского Флота вступили тысячи граждан республики. 22-й эстонский территориальный стрелковый корпус Красной Армии мужественно сражался на Северо-Западном фронте, в районе Порхов, Дно, Старая Русса. В боях у станции Дно отличился заместитель политрука Арнольд Мери. Ему первому из эстонских воинов в августе 1941 года было присвоено звание Героя Советского Союза.
Враг приближался н столице республики. Десятки тысяч граждан вышли строить оборонительные укрепления на подступах к Таллину. По инициативе Таллинского горкома партии был сформирован рабочий полк, который вместе с частями Красной Армии и военными морянами: встал на защиту эстонской столицы. Героическая оборона Таллина – одна из ярких страниц Великой Отечественной войны. В середине июля оккупантам удалось, охватить город подковой, концы которой упирались в море. 3ащитнини Таллина явили упорство и отвагу.
Таллин был оставлен нашими войсками лишь 28 августа 1941 года, после ожесточенных уличных боен. Корабли Балтийского флота, взяв на борт последние подразделения, оборонявшие город, направились к Кронштадту.
Гитлеровское командование двинуло против них подводные лодки и авиацию, однако большинство кораблей достигли Кронштадта.
На островах борьба продолжалась. Гитлеровцы вынуждены были отвлекать туда немалые силы. Жители Моонзундского архипелага оказывали всемерную помощь советским воинам, 3аслужив их вечную благодарность. В октябре последние защитники Саремы и Хиумы ушли на Ханко. В героической обороне Ханко участвовало около 600 эстонцев. Эстонский остров Осмуссар был 3ахвачен немцами только 3 декабря 1941. года.
В боях на территории Эстонской ССР погибли тысячи граждан республики. Особенно большие потери понесли ряды эстонских коммунистов: погибло около 30 процентов работников аппарата ЦК КП(б) Эстонии, более 35 процентов работников укомов и горкомов и почти 64 процента парторгов волостей и заводов. На боевом посту пали секретарь ЦК КП(б) Эстонии Феодор Окк, член ЦК Вольдемар Сасси; во время эвакуации из Таллина погибли председатель Совета Народных Комиссаров республики Иоханнес Лауристин, секретарь ЦК КП(б) Эстонии Адольф Паук, секретарь Таллинского горкома партии Иван Лаубе и многие другие.
Десятки тысяч граждан республики эвакуировались в советский тыл. Туда же вовремя было вывезено заводское оборудование и ценное имущество. Эстонских трудящихся приняли в братских республиках как родных. Местные советские и партийные органы сделали все возможное, чтобы предоставить им работу, обеспечить жильем, продуктами. Для эстонских детей были открыты школы и классы, где они обучались на родном языке. Тысячи эстонских граждан самоотверженно работали на заводах Урала, в шахтах Кузбасса, в колхозах, совхозах Челябинской и Ульяновской областей. Многие эстонцы делили с ленинградцами лишения блокады.
По инициативе ЦК КП(б) Эстонии и Совнаркома ЭССР они продолжали свою деятельность в советском тылу – в декабре 1941 года Государственный Комитет Обороны СССР принял постановление о создании эстонских национальных частей Красной Армии. Весть об этом вызвала огромный подъем среди эвакуированных граждан республики. На территории Уральского военного округа были сформированы две эстонские дивизии и отдельный эстонский запасный полк. Позже на их базе развернулся 8-й эстонский стрелковый корпус Красной Армии, командиром которого был назначен генерал Лембит Абрамович Пэрн.
В 1941 году на оккупированной территории Эстонской ССР началось партизанское движение. Борьбой народных мстителей руководил Эстонский: штаб партизанского движения, созданный как военный орган Центрального Комитета НП (б) Эстонии. Партизаны разрушали линии связи фашистских войск, совершали нападения на оккупантов. В тыл к немцам забрасывались диверсионные группы, организаторы партизанского движения различные специалисты.
Партизанское движение в Эстонии постепенно усиливалось. Эстонские народные мстители приняли участие в героической; рельсовой войне, воине, которая развернулась в тылу врага в 1943 году. Особенно удачно и отважно действовали партизанские отряды, которыми командовали: Эдуард Аартээ и Ильмар Юриссон. Многие операции эстонские партизаны проводили совместно с русскими и латышскими отрядами.
Особый размах партизанское движение приняло в Эстонской ССР в 1944 году, когда началось освобождение республик от фашистских оккупантов.