Несмотря на неоднократные предложения мира с советской стороны, Джунаид-хан продолжает свою агрессивную политику. В июне 1919 года он совершает из Хивы один за другим смертоносные рейды в Амударьинскую область и устанавливает постоянные контакты с адмиралом Колчаком, верховным главой контрреволюции.
Такую же политику проводит в Бухаре Алим-хан. В марте 1918 года попытка партии младобухарцев свергнуть феодальную власть с помощью туркестанских красногвардейцев заканчивается провалом. Руководители младобухарцев рассчитывали, что их выступление повлечет за собой всеобщее восстание в эмирате.
Но они переоценили свои силы и влияние: находившиеся еще под контролем баев и мулл трудящиеся за ними не пошли. Разжигаемые в деревнях бунты бедных крестьян, а в различных населенных пунктах — ремесленников и рабочих терпят такой же провал, как и восстание, организованное в «старом городе» Бухарской коммунистической партией. Эмир не раздумывая обрушивает на участников этих выступлений кровавые репрессии.
В апреле и мае 1919 года из Афганистана в Бухару приходят несколько сот тяжело груженных верблюдов. Они привезли оружие, поставленное Великобританией, чтобы помочь эмиру Алим-хану вооружить 50 тысяч мобилизованных им людей. Лондон отправляет ему также, помимо 28 тысяч винтовок, английских военных инструкторов. В конце лета 1919 года в Бухаре насчитывается около 600 таких инструкторов. Среди советников эмира, как и хивинского хана, имеются русские «беженцы» — офицеры, высшие царские чиновники и меньшевики. В их числе Осипов — бывший военный нарком Туркестана (царский прапорщик, проникший в ряды большевистской партии), который в ночь на 19 января 1919 года (при соучастии представителей иностранных миссий в Ташкенте) во время неудавшегося государственного переворота приказывает арестовать, а затем казнить членов правительства Туркестанской республики, туркестанских комиссаров, и других партийных и советских работников.
Но несмотря на все это, дни Бухарского эмирата и Хивинского ханства сочтены. Поражение Колчака и Деникина, подавление последних контрреволюционных частей в Средней Азии соединениями Красной Армии, которой на этом фронте командует Михаил Фрунзе, целиком изолируют оба феодальных государства, где неудержимо нарастает революционное движение. В деревнях разгорается вооруженная борьба, а в Хиве и других городах ханства под руководством местных активистов организуется Хорезмская коммунистическая партия. Позже к ней примкнет наиболее радикальная часть партии младохивинцев, обязанная своим происхождением, как и партия младобухарцев, джадидам. Саид Абдулла (новый хан, заменивший Джунаида) был свергнут в феврале 1920 года. В апреле первый «курултай» (съезд народных представителей) провозглашает Хорезмскую Советскую Народную Республику. Объявлено о принятии демократических мер — конфискации имущества хана, его приближенных и крупных землевладельцев, установлении равенства в правах для всех национальностей, но при этом ничего не говорится о социализме. Правительство, образованное после падения хана, состоит из коммунистов, а также умеренных джадидов, враждебно относящихся как к слишком революционному продвижению вперед, так и к тесному сотрудничеству с советским Туркестаном.
В Бухаре события развивались таким же образом. Коммунистическая партия была организована здесь в сентябре 1918 года. Активно участвуя в битвах против эмира и разъясняя собственную революционную программу, бухарские коммунисты значительно расширили свое влияние в ущерб течению джадидов. Летом 1920 года в группах и ячейках партии состоит уже 5000 коммунистов, среди которых есть дехкане, ремесленники, рабочие и солдаты эмира. Кроме того, компартию поддерживают тысяч двадцать сочувствующих. В одном лишь старом квартале Бухары 21 партийная ячейка объединяла 1500 активистов. Помимо того, в Самарканде (вне пределов эмирата) активисты с помощью товарищей из советского Туркестана организовали военные части, в которые вошло большинство революционеров, дезертировавших из армии эмира.
Дискуссии и полемика между коммунистами и младобу-харцами не затихают, несмотря на суждения, выносимые «Туркестанской комиссией». Партии младобухарцев не терпится свергнуть тиранию, и она призывает Фрунзе больше не ждать, а покончить с ней силой оружия. Но советские руководители не желают поступать неосмотрительно и ставить себя в положение агрессоров. Красная Армия вмешается лишь в том случае, если действительно представительное, массовое, народное революционное движение попросит ее об этом. Критикуя младобухарских руководителей за поспешность, большевистские газеты упрекают тех, кого они называют «азиатскими декабристами», в непонимании того, что при преждевременном вмешательстве извне «эксплуатируемые массы» по недопониманию могут спутать своих освободителей с иностранными завоевателями.