В апреле М.В. Фрунзе избирается предсдателем Шуйской городской и уездной земской управ. Но в эту должность он вступил только в сентябре по той причине, что в августе был назначен начальником штаба революционных войск Минского района.
Во время Октябрьских событий 1917 года Фрунзе во главе организованного им 2-тысячного отряда Красной гвардии принял активное участие в боях с белогвардейцами и юнкерами в Москве и установлении в ней советской власти. Уже тогда он заявил о себе как о способном командире большого воинского отряда.
Михаил Васильевич не сразу ушел на военно-командное поприще. С марта 1918 года – он председатель Иваново-Вознесенского губернского исполнительного комитета. Одновременно (по май) исполняет там же должность военного комиссара. В июне становится председателем Совета народного хозяйства Иваново-Вознесенской губернии.
В начале Гражданской войны (в августе 18-го) М.В. Фрунзе стал военным комиссаром Иваново-Вознесенской области, а затем окружным военкомом Ярославского военного округа, в который входило восемь губерний. Эти назначения состоялись по инициативе Л.Д. Троцкого, котрый был высокого мнения об организаторских способностях опытного большевика-подпольщика. На этих должностях Михаил Васильевич занимался формированием красногвардейских отрядов, руководил подавлением вооруженных выступлений противников советской власти.
В январе 1919 года Фрунзе был назначен командующим 4-й армией Восточного фронта, а затем – командующим Южной группой Восточного фронта (который был разделен на две группы), в состав которой вошли 1-я, 4-я и 5-я и Туркестанская армии. Под его умелым руководством Южная группа в ходе последовательно проведенных наступательных операций разгромила противостоявшие ей войска адмирала Колчака. Войска группы занимали рубеж от Александрова Гая, южнее Уральска, до Актюбинска. Им противостояли войска Оренбургской и Уральской белоказачьих армий.
Южная группа являлась главной ударной силой Восточного фронта во время его контрнаступления в апреле – июне 1919 года. Войскам Фрунзе ставилась задача наступать на Бугуруслан, Белебей и Уфу и разгромить растянувшуюся на 450-километровом фронте колчаковскую Западную армию генерала Ханжина.
На полосе наступления шириной в 220 километров Фрунзе сосредоточил 42 тысячи штыков и сабель, 136 орудий, 515 пулеметов. Красным здесь противостояли белые войска численностью всего в 22,5 тысячи штыков и сабель при 62 орудиях и 225 пулеметах. Но на оголенных участках фронта численное преимущество оказалось на стороне колчаковцев.
Контрнаступление Южной группы включало в себя три последовательные операции, объединенные единым замыслом командующего. В ходе Бугурусланской операции было нанесено поражение Западной армии белых. В Белебейской операции во встречных боях красные разбили выдвинутый из резерва противника Волжский корпус генерала Каппеля. В Уфимской операции дивизии Фрунзе форсировали реку Белую, заняли город Уфу и вышли к предгорьям Уральского хребта. Затем поражение было нанесено колчаковскому Екатеринбургскому ударному корпусу.
О том, как задумывалось наступление Восточного фронта, свидетельствует один из докладов его командования в Реввоенсовет Республики. Замысел М.В. Фрунзе на операцию, ее сущность заключалась в следующем:
«…Чтобы бить врага сосредоточенными ударами на важнейших направлениях, мирясь с временными неудачами (на) менее важных, имея в виду, что успех на главном направлении неизбежно скажется и на второстепенных».
За успешно проведенное наступление на Южном Урале М.В. Фрунзе был награжден приказом Реввоенсовета Республики № 133 от 8 июля 1919 года орденом Красного Знамени. В приказе РВСР говорилось:
«Награждается орденом Красного Знамени командующий Южной группой Восточного фронта Михаил Васильевич Фрунзе-Михайлов за нижеследующие отличия: тов. Фрунзе вступил в командование армиями Южной группы Восточного фронта в трудный период его отхода под напором превосходных сил противника. Руководя 4-я армиями: 4-й, 1-й, Туркестанской и 5-й, тов. Фрунзе, несмотря на тяжелое положение, в котором находились наши войска, сумел выделить в период отступления сильные резервы и сосредоточить мощную ударную группу для нанесения встречного удара противнику.
Перейдя затем в наступление, армии Южной группы под начальством тов. Фрунзе энергичным и сильным ударом разбили войска противника, шаг за шагом оттеснили его за р. Белую и овладели Уфой.
В ночь с 7 на 8 июня, во время форсирования 25-й дивизией р. Белой у Красного Яра, тов. Фрунзе лично руководил переправой частей, находясь в передовой линии под огнем противника. Будучи контужен бомбой, брошенной с самолета, остался на переправе и продолжал отдавать распоряжения, пока войсками не была выполнена поставленная им задача».