Функции ВЧК с февраля 1918 г. возрастали. В Москве ВЧК расположилась в гостинице «Селект» на Лубянке, а затем заняла соседнее здание — страхового общества «Россия». В этих зданиях разместились 12 отделов ВЧК, среди которых отдел по борьбе с контрреволюцией (возглавил И. Н. Полукаров), со спекуляцией (В. В. Фомин), преступлениями по должности (П. А. Александрович) и др. Для оперативного руководства создавалась «тройка»: Дзержинский, Александрович, Петерс. 15 июня 1918 г. была создана первая расстрельная «тройка» ВЧК. В тот день коллегия ВЧК постановила: «Составить тройку из представителей партии коммунистов (больш.) и левых с.-р., которые и уполномочиваются решать вопросы о расстреле. Избраны в тройку: Дзержинский, Лацис и Александрович. Заместителями к тройке избраны: тт. Фомин, Петерс и Ильин. Расстрелы применяются ко всем, кто замешан в заговоре против советской власти и республики, если это будет доказано. Приговоры тройки должны быть единогласны»[141]. К тому времени ВЧК широко использовала агентурные методы, наружное наблюдение, систему секретных сотрудников (сексотов), вербуя их среди арестованных и членов «контрреволюционных» организаций, перлюстрацию писем, международной корреспонденции и т. д. Тогда же появились инструкции о том, кто подлежит расстрелу. Это все бывшие жандармские и полицейские офицеры (по результатам обыска), носящие оружие без разрешения или проживающие по фальшивым документам, активные члены партий кадетов, октябристов, а также эсеров (правых и центра). Дело о расстреле обсуждалось «обязательно в присутствии представителя РКП(б)». Разъяснялось, кого можно считать активным членом «контрреволюционных партий»: членов комитетов от центральных до местных, боевых дружинников, несущих службу между отдельными организациями[142]. Расстрельная политика поощрялась Совнаркомом, который, ссылаясь на выступление чехословацкого корпуса, 10 июня 1918 г. предлагал всем советам беспощадно истреблять «офицеров-заговорщиков, предателей, сообщников Скоропадского, Краснова, сибирского полковника Иванова»[143].
Итоги деятельности ВЧК и перспективы были обсуждены на I Всероссийской конференции чекистов (Москва, 11–14 июня 1918 г.), собравшей 66 делегатов от 43 ЧК. Чекисты на конференции провозгласили себя «оплотом охраны советской власти», заявив, что главным средством в борьбе с контрреволюцией должна стать секретная агентура, которая, находясь в обследуемой среде, даст, несомненно, больше ценных сведений, чем их можно получить официальным путем или при помощи других вспомогательных средств[144]. В дни работы конференции, 12 июня 1918 г., состоялось заседание фракции коммунистов — участников конференции. Они потребовали ареста руководителей партии кадетов, правых эсеров и меньшевиков, установления наблюдения за командным составом Красной Армии, расстрелов «видных и явно уличенных контрреволюционеров»[145].
По полученным правам ВЧК и трибуналов можно судить о развитии советской карательной политики, ибо эти учреждения (с лета 1918 г. к ним присоединились революционные военные трибуналы) рассматривали преимущественно политические преступления, а к ним относили «все, что против советской власти». Характерно, что право ВЧК на внесудебные расправы, сочиненное Троцким, подписал Ленин, трибуналам предоставил неограниченные права нарком юстиции, постановление о красном терроре завизировали наркомы юстиции, внутренних дел и управляющий делами Совнаркома (Д. Курский, Г. Петровский, В. Бонч-Бруевич). Понижение рангов подписывающих важнейшие акты карательной политики свидетельствовало о том, что террор быстро становился обыденным делом. Партократия инициировала, вырабатывала карательную политику, убеждая себя и других в важности соблюдения при этом классового принципа.
«Левоэсеровское восстание совершалось аппаратом ВЧК», — писал Петерс. Действительно, германского посла в Москве 6 июля 1918 г. убили сотрудники ВЧК Я. Блюмкин и Н. Андреев, отряд ВЧК стал опорой вооруженного сопротивления большевикам. Дзержинский был арестован левыми эсерами и после подавления их выступления подал в отставку, объясняя свое заявление необходимостью выступить в качестве свидетеля. Совнарком отставку Дзержинского принял и временным председателем ВЧК назначил Петерса, прежнюю коллегию ВЧК объявил упраздненной. Петерсу 7 июля 1918 г. поручалось в недельный срок представить в СНК доклад о личном составе с тем, чтобы устранить из органов ЧК всех, кто прямо или косвенно был связан с «провокационно-азефовской деятельностью члена партии левых социалистов-революционеров Блюмкина»[146]. Хотя Дзержинский был отстранен от председательской должности, но, по признанию Петерса, новая коллегия ВЧК была сформирована только из коммунистов и при том, что Дзержинский фактически оставался руководителем ВЧК[147].