По существующей официальной версии главными действующими лицами, организаторами покушения на Ленина были руководители правоэсеровской боевой группы Семенов, Коноплева и исполнительница Каплан. Эта версия в 1990-е годы подверглась сомнению со стороны историков и публицистов. 19 июня 1992 г. Генеральная прокуратура России, учитывая общественный интерес к делу о покушении на Ленина 30 августа 1918 г., по заявлению ульяновского писателя А. Авдонина начала проверку обоснованности расстрела Каплан. Рассмотрев материалы уголовного дела по обвинению Ф. Е. Каплан, прокуратура установила, что следствие в 1918 г. было проведено поверхностно, и вынесла постановление «возбудить производство по вновь открывшимся обстоятельствам». Новых обстоятельств не было, было недоумение многих, увидевших, сколь бездоказательно была уничтожена бывшая политкаторжанка. Что во время того трехдневного следствия не было проведено никаких экспертиз, в том числе и на предмет психического здоровья Каплан. Следствие ставило задачей установить: стреляла ли Каплан, каковы мотивы и судьба стрелявшей. Повторное следственное дело о вине Каплан в покушении на Ленина, начатое в 1992 г., было завершено спустя четыре года — в 1996 г. Следователь ФСБ РФ В. А. Шкарин, ведший это дело, в интервью корреспонденту «Московского комсомольца» Е. Лебедевой (7 октября 1998 г.) сообщил некоторые подробности. Он подтвердил заключение экспертов о том, что стреляли действительно из подброшенного после покушения «браунинга», что выстрелов было четыре, что обойма «браунинга» состояла из семи патронов, но восьмой патрон был в патроннике, что стрелял один человек. Заметим лишь, что нет данных о том, что Каплан когда-либо пользовалась оружием, и явно «браунинг» с полной обоймой и патроном в патроннике готовила к бою не она.
Ответ на вопрос, кто стрелял, выглядит в интервью следователя не столь убедительно. Свидетельства очевидцев, на которые он ссылается, мало что дают в этом отношении. Шофер Ленина С. К. Гиль заявил в показании, написанном 30 августа 1918 года, что после первого выстрела заметил женскую руку с браунингом, но была ли это рука Каплан? Батулин, задержавший Каплан, сообщил 5 сентября 1918 г., что «человека, стрелявшего в тов. Ленина, я не видел». Поэтому, когда следователь Шкарин утверждает, что «свидетели покушения, видевшие стрелявшую женщину в черной одежде, узнали ее в представленной им на следствии Фани Каплан», он явно лукавит. Ее видели только после задержания, но стрелявшего или стрелявшую не видел никто из тогда давших показания. Столь же неубедительно звучит и его заявление о том, что Ленин, наверное, был единственным человеком, который не мог видеть покушавшегося и поэтому его вопрос об убийце-мужчине был скорее стереотипен. Почему? Ведь Ленин энергично двигался и, по мнению доктора Б. С. Вейсборда поворот головы «спас его от смерти». Следователь заявил, что покушение совершила Каплан, так как «в ходе изучения дела и всех архивных фондов не установлено ни одного человека, на которого могло пасть подозрение». Подобный вывод может лишь удивить, поскольку он ничего не доказывает. Более того, с самого начала подозреваемых было несколько, в том числе и неизвестный «дружинник», на которого указывал, но не назвал Г. И. Семенов.
Видимо, корреспондента газеты также не убедили доводы следователя, и она обратилась за разъяснениями к начальнику отдела реабилитации жертв политических репрессий Г. Ф. Весновской, которая сообщила, что в соответствии с российскими законами человек может быть признан виновным только по решению суда. В сентябре 1998 г. редакция «Московского комсомольца» обратилась с заявлением в Генеральную прокуратуру с просьбой дать оценку материалам уголовного дела в отношении Каплан с учетом закона о реабилитации жертв политических репрессий. Чем завершилась работа по этому заявлению и будет ли суд, — мне неизвестно. Известно другое. Опубликованные газетные материалы о ходе расследования дела Каплан, с моей точки зрения, не дали убедительных доказательств ее вины в покушении на Ленина 30 августа 1918 г. Тогда же «Московский комсомолец» предложил версию захоронения останков Каплан не в Александровском, а в Тайнинском саду.
Среди тех, кто мог, кроме Каплан, стрелять в вождя, ныне называют Л. Коноплеву, З. Легонькую, А. Протопопова, В. Новикова. Согласно брошюре Г. Семенова именно Л. В. Коноплева, член эсеровской боевой группы, предложила в 1918 году «произвести покушение на Ленина» и одно время «мыслила себя исполнительницей». Но данных, подтверждающих это, нет. Есть другие — о ее вступлении в РКП(б) в 1921 г., разоблачении своих бывших коллег по партии в 1922 г., работе в 4-м управлении штаба РККА. В 1937 г. ее арестовали и расстреляли, а в 1960 г. реабилитировали. Она признавалась публично в организации покушения на Ленина, но как исполнительница не обвинялась.