В тюрьме находилось постоянно 500-600 человек. За день-два до кровавой расправы обычно начинают усиленно шмыгать в тюрьму чекисты с бумагами. Чует тюрьма недоброе. Никто не уверен в завтрашнем дне. Ловят каждое слово канцеляристов-арестованных (6-7 человек из них работают в тюремной канцелярии), быстрее молнии все 27 камер узнают недобрые весточки. Пение, громкие разговоры, споры сменяются шушуканием, предположениями. Нечего и говорить, что большая часть тюрьмы не спит всю ночь. Чуть стукнет что по каменной лестнице - все настораживаются, волосы дыбом, вместо людей только тени неслышно бродят по камерам и… прилипают к окну, глядя бессмысленно, быть может, в последний раз на Божий мир! Чу! Звякает замок, быстро открывается дверь камеры, и хриплый пьяный голос грубо выкрикивает: «Иванов Петр?» - «Здесь» - «Отчество?» - «Степанович» - «Собирай вещи и выходи». Через три-пять минут снова: «Выходи». И обреченные Ивановы, Стратилатовы, Башмаковы, Пахомовы с узелками сортируются в коридоре и отправляются исключительно в 1-2 ночи «на мхи» сначала под усиленным конвоем, а потом уже в кандалах, так как наиболее уравновешенные из обреченных пробовали дорогой «в вечность» удирать. Нет красок описать душевное состояние многосотенных обитателей тюрьмы. Накануне расстрелов и на другой день почти половина тюрьмы умоляла дать ей брому для успокоения. К этому же средству успокоительному прибегало и начальство тюремное: и у этих головорезов нервы сильно пошаливали.
Массовый расстрел. В один из августовских дней произошло следующее. С раннего утра стали сортировать в камерах лиц, назначенных к выезду в Холмогорский лагерь «со всеми вещами». В 2 часа свыше 400 человек направились из тюрьмы к пристани, где их дожидался пароход с баржей, пришедшей с такой же партией из Соловецкого монастыря, переименованного в лагерь. В 3 часа пароход отчалил с таким ценным грузом по направлению в Холмогоры. Дорогой пароход пристал к одному из пустынных необитаемых островов, всем арестованным приказано было раздеться донага и выйти на берег, где они буквально все были перестреляны расставленными пулеметами. Говорят, что ни один из них не мог спастись. На другой день к вечеру в тюрьму были доставлены вещи несчастных. Слухи об этом «Холмогорском расстреле» дошли до тюрьмы только на шестой день. Передавали, что обыватели Архангельска осведомлены об этом были на другой, на третий день, что об этом ужасном событии узнала Москва, сместившая председателя Губчека Смирнова.
Первый протест обреченных. 17 декабря 1920 года 24 человека из общих камер были выведены днем в камеру подвального этажа. Среди них было много интеллигентных: судья Стратилатов, уездный городской голова Пахомов, два заводских управляющих, учитель и другие. Поняв, зачем их изолировали, они быстро сговорились добровольно из камеры не выходить. Заметив приготовления ночные к выводу, они моментально устроили баррикаду из нар, кроватей, стола и прочей утвари камерной. На предложение «выходить» они начали кричать, ругаться, рвать свое платье и белье, чтобы превратить их в негодность, стучаться головой об стену и проч. Тогда стянули до 4 000 красноармейцев разного рода оружия во главе с Чекой, окружили тюрьму со всех сторон и стали силой выпроваживать и вбрасывать на автомобили отчаянно сопротивлявшихся арестованных. Некоторых прикололи штыками на месте… Спустя полчаса «со мхов» ясно доносились залпы.
Регистрация в тюрьме. На каждого приведенного в тюрьму составляются немедленно две регистрационные карточки: фамилия, имя, отчество, откуда, звание, род занятий, рождение, когда арестован, за что, осужден или под следствием, за подписью собственноручной арестованного. Одна из этих карточек хранится в канцелярии, а другая посылается в Наркомюст. Кроме этого, каждый арестованный заносится в алфавитную тюремную книгу со всеми дальнейшими сведениями. Любопытно, что расстрелы (лица) вносятся только тогда в книгу, когда он осужден Реввоентрибуналом. В других случаях, т. е. при оптовом расстреле, вписывается в книгу каждому из несчастных в отдельности: «такого-то числа выдан товарищу Коновалову по отношению коменданта Губчеки за № таким-то от такого-то числа». Указанному товарищу Коновалову в течение 4-х месяцев выдавались партии арестованных. Расстреливали преимущественно по четвергам. Почему? Объяснение простое. Тюрьма принимала подачи для арестованных со стороны только по средам, а для больных еще и в воскресенье. Приносили не только пищу, но и обувь, одежу и проч. ценные вещи. Ясно, что пополненное имущество арестованных было лакомым кусочком для палачей.