В военном правительстве особенно выделялся Перон на посту министра труда. Он занял этот пост в ноябре 1943 г., то есть через несколько месяцев после начала революции, и начал тесно взаимодействовать с традиционными профсоюзами. В то время Всеобщая конфедерация труда была расколота на две группировки. Перон поддержал одну из них и оттеснил другую; преследовал социалистических и коммунистических лидеров и благоволил, остальным; создал новые синдикаты и ввел в действие новые уставы для различных профсоюзов; распорядился повысить зарплаты; выступил с важными законодательными инициативами, проведенными в жизнь позднее (например, закон о «справедливом труде», закон об оплачиваемом отпуске, закон о «тринадцатой зарплате» и другие меры). Но главным, что сделал Перон на посту министра труда, было создание профсоюзов в тех отраслях, где они прежде отсутствовали.
Многие из тех, кто приехал в город из деревни, не понимали, что такое профсоюз. Это отличало их от рабочих коммунистической, социалистической и анархистской ориентации. Например, рабочие сахарной промышленности в Тукумане или те, кто работал в городах, где не было профсоюзных традиций, или там, где социалисты и коммунисты не смогли объединить всех рабочих в профсоюз, — эти рабочие не знали, что такое профсоюз и зачем он нужен. Встав во главе министерства труда, Перон написал для них уставы, организовал ассамблеи, предоставил им помещения, облегчил их признание, добившись таким образом создания движения, которое отплатило ему верностью. Перон сделал несколько очень умных шагов: например, он вмешался в дела профсоюзов железнодорожников, отправив туда Доминго Мерканте (он был сыном железнодорожного рабочего), сумевшего переманить эти в основном социалистические профсоюзы на сторону Перона.
В 1945 г. под напором оппозиции правительство стало искать контактов с радикалами, чтобы выработать план, который позволил бы военным, участвовавшим в революции 1943 г., не попасть под суд. Точкой соприкосновения была именно социальная политика Перона — единственное, что могло оправдать деятельность правительства за эти два года. Однако переговоры ни к чему не привели. Радикалов в то время возглавляли альвеаристы, а принципиальные наследники Иригойена не хотели договариваться с Пероном.
Несмотря на это, в правительстве де-факто было три или четыре министра от ГРС. Они заняли посты в августе 1945 г. В том же месяце было отменено осадное положение, возобновили деятельность политические партии и прошел «Поход за конституцию и свободу» — очень важное событие, за которым последовала попытка военного переворота в Кордобе, закончившаяся неудачно.
17 октября
В конце концов правительство вновь ввело осадное положение, произошли массовые аресты лидеров оппозиции, и 8 октября 1945 г. в очень напряженной обстановке случилось решающее событие. Гарнизон Кампо-де-Майо потребовал от президента Фаррелля отставки Перона. Хотя этот гарнизон осуществил революцию 1943 г. и был военной опорой Перона, теперь он оказался под давлением общественного мнения, оппозиции, посольства США и университетской интеллигенции. Страна устала поддерживать Перона, и он подал в отставку без борьбы. Несколько дней царил хаос, однако оппозиция не смогла заполнить вакуум власти. С другой стороны, сторонники Перона вели подпольную работу с целью организовать выступление Всеобщей конфедерации труда и некоторых профсоюзов.
Генерал Авалос (он возглавлял гарнизон Кампо-де-Майо и был инициатором движения против Перона) предложил Сабатини, губернатору Кордобы и лидеру левых в ГРС, направить своих людей в правительство и создать условия для проведения выборов, на которых победу одержал бы сам Сабатини. В движении радикалов нашлись люди, выступившие против подобных переговоров и требовавшие передачи власти в руки Верховного суда. Но это было неприемлемо для армии, так как означало признание ее полного поражения. Тем не менее только такое развитие событий могло объединить столь разные силы, как консерваторы, коммунисты, радикалы, социалисты и т.д.
Семнадцатого октября действительно оказалось очень важной датой. В этот день тысячи рабочих собрались на Майской площади и потребовали выпустить Перона на свободу. В тот момент он находился в заключении на острове Мартин-Гарсия, а затем был переведен в военный госпиталь. Требования митингующих, поддержанные армией (по крайней мере, она осталась пассивной, и этого было достаточно), привели к новой политической конфигурации, просуществовавшей десять лет: профсоюзное движение поддерживало правительство, которое, в свою очередь, опиралось на армию. Кроме того, в аргентинской политике начали играть значительную роль массы, не связанные с традиционными политическими партиями. Они были верны Перону, так как он предоставил им социальные гарантии. Семнадцатое октября стало концом старой политики, и это должно было отразиться на выборах.