В начале июля 2007 года Генеральная прокуратура РФ отказала МВД Великобритании в удовлетворении запроса об экстрадиции Лугового, сославшись на 61-ю статью Конституции РФ, запрещающую выдавать граждан России, и обвинив Скотленд-Ярд в недостатке доказательств, необъективности и политической ангажированности уголовного расследования. Генеральная прокуратура России отрабатывала версии о причастности к отравлению Бориса Березовского, Леонида Невзлина и других опальных российских олигархов. Однако эти версии не давали ответа на вопрос, откуда олигархи могли заполучить полоний-210, если этот изотоп вообще не хранится, а производится на АЭС по заказу и для конкретных целей. После отказа генпрокуратуры выдать Лугового 4 российских дипломата были высланы из Великобритании, а в ответ из России также были высланы 4 британских дипломата. Кроме того, 16 июля 2007 года британский МИД объявил о замораживании переговоров с Москвой об облегчении визового режима. В ответ Москва прекратила выдачу виз британским официальным лицам и не будет направлять своих чиновников в Великобританию. Британское предложение изменить российскую конституцию, чтобы иметь возможность выдавать российских граждан, Президент России Владимир Путин назвал «рудиментом колониального мышления» и попенял британцам: «Они никуда не выдают людей, которые прячутся на их территории, в том числе людей, подозреваемых и обвиняемых в террористической деятельности, а к другим странам они предъявляют повышенные претензии, в том числе дают оскорбительные советы для нашей страны – поменять Конституцию».
1 апреля 2007 года в эфире «РТР-Планета», а затем в программе «Вести недели» российского государственного телеканала «Россия» было показано интервью с неизвестным, сидевшим спиной к камере и представившимся другом Литвиненко Петром. Аноним утверждал, что отравление Литвиненко было организовано Березовским, поскольку Литвиненко знал, что тот якобы получил статус политического беженца путём подлога. По словам неизвестного, Литвиненко и Березовский подвергли его воздействию психотропных препаратов и заставили заявить, что он был направлен ФСБ с целью убийства Березовского; плёнка с этой записью была представлена в суде и якобы помогла Березовскому получить политическое убежище в Англии 9 сентября 2003 года. По поводу этой версии Березовский заявил: «Если бы такая версия существовала как реальная, то Скотланд-Ярд давно должен был бы заинтересоваться этой версией и не ездить в Москву в самом начале расследования, а сначала выяснить, верна ли эта версия». Березовский утверждал в эфире «Эха Москвы»: «Все эти многочисленные версии, которые продолжают появляться, они являются только следствием того, что российская власть хочет прикрыть это преступление. И те, кто прикрывают это преступление, в свою очередь, становятся преступниками…Совершенно очевидно сегодня, что все следы ведут в Москву и на самый верх. Без участия государства, без участия лично Путина подобные преступления не могли совершить никто». Действительно, ни одна из выдвинутых Москвой версий не объясняет, каким образом Березовский мог использовать полоний-210.
По словам друга и партнера Березовского по фонду защиты гражданских свобод Александра Гольдфарба, анонимным героем «Вестей недели» был Владимир Иванович Теплюк, эмигрировавший в Лондон из Казахстана и несколько лет безуспешно добивавшийся статуса политического беженца. Гольдфарб заявил, что Теплюк неоднократно публично рассказывал о том, что его наняли для того, чтобы отравить Березовского с помощью отравленной ручки. По словам Гольдфарба, Теплюк действительно к ним обращался и говорил о возможном покушении на Березовского. «Однако мы говорили ему, если что-то знаете, идите в полицию».
21 января 2016 года по завершении публичных слушаний, начавшихся в июле 2014 года, депутат Госдумы России Андрей Луговой и предприниматель Дмитрий Ковтун в палате общин британского парламента были названы виновными в убийстве экс-сотрудника ФСБ Александра Литвиненко, умершего в Лондоне в 2006 году от отравления радиоактивным полонием. Бывший судья Высокого суда Роберт Оуэн (после начала слушаний он ушел с поста судьи Высокого суда, поскольку слушания имеют статус расследования, а не судебного разбирательства) в этот день огласил выводы публичного расследования в палате общин. Именно он с 2013 года настаивал на проведении публичных слушаний по делу об отравлении Александра Литвиненко, поскольку, в отличие от обычного расследования, в ходе публичных слушаний суд смог бы получить доступ к части сведений, составлявших государственную тайну. Тогдашний глава МВД Тереза Мэй отказала Оуэну в проведении публичных слушаний, поскольку опасалась, что такие слушания могут осложнить отношения между Лондоном и Москвой. Тогда вдова Александра Литвиненко Марина обжаловала отказ в Высоком суде, и, не дожидаясь его вердикта, Тереза Мэй 22 июля 2014 года объявила, что публичные слушания под председательством Оуэна состоятся.