В 1999–2001 годах Скрипаль работал в управлении делами МИД России, а затем в министерстве территориальных образований Московской области. Туда его пригласил знакомый, тоже офицер запаса ГРУ. Министерство, отвечавшее за связи районов с правительством области, создали на базе избирательного штаба губернатора Бориса Громова, где было немало отставных гээрушников. Несколько районов курировал Скрипаль. Его приятель Олег Иванов, работавший вместе с ним в правительстве Московской области, так вспоминал о Скрипале в интервью Би-би-си: «Человек был патриотически настроенный, доброжелательный, крупный мужчина. Мы с ним сработались. Он был приятный в общении. Ходили с ним периодически в кафе, в рестораны. Денег всегда бывает мало, но насколько я понимаю, он, как полковник с выслугой лет, был обеспеченным человеком, и пенсия у него была хорошая. В ресторанах всегда платил сам за всех из принципа. Человек достойный в бытовом плане, ничего плохого я о нем сказать не могу». Аналогичным образом характеризовал Скрипаля источник агентства «Росбалт»: «Он — мужик веселый, общительный и любопытный. Активно участвовал в посиделках со спиртным, во время которых между делом расспрашивал “профильных” сотрудников о нужной британцам информации». И тот же источник утверждал, будто бы Сергей Викторович «подставил очень много людей, и даже не тем, что сведения о них получили британцы. Когда “всплыло”, что Скрипаль — шпион, то их карьеры оказались поломаны». За такое, по мысли анонимного источника, пострадавшие сотрудники ГРУ могли и отомстить. Очевидно, «поломались» карьеры тех, кто был близко знаком или дружил со Скрипалем.
В то же время, по словам Олега Иванова, деньгами Скрипаль никогда не сорил и ездил на недорогой отечественной машине: «Не очень богатый был человек, но и не бедствовал». Он строил дом в Лобне, но так и не достроил. Похоже, Сергей Викторович посещал все-таки не слишком дорогие рестораны. Параллельно он занялся бизнесом, в чем для отставника ГРУ и чиновника правительства Московской области ничего необычного не было. Скрипаль стал владельцем 10 % акций компании «Юниэкспл», которая занималась разминированием местности, проводила специальные взрывные работы и утилизировала устаревшие боеприпасы и боевую технику. Эта компания прекратила свою деятельность только в августе 2016 года. Также, по некоторым сведениям, Скрипаль возобновил бизнес по поставкам испанского вина в Россию. Свой интерес к засекреченным сведениям в беседах с коллегами он якобы объяснял желанием иметь инсайдерскую информацию для успешного ведения бизнеса.