Со времени прибытия в Синд Ага-Хан I восстановил контакты со своими последователями ходжа, которые тогда впервые смогли лицезреть своего имама. В 1260/1844 году он покинул Синд и после года, проведенного со своими сторонниками в Катиаваре (Гуджарат), прибыл в 1260/1846 году в Бомбей. Посредничество Британии по поводу возвращения имама на родину, в Персию, как выражение его личного желания, успеха не имело. После краткого пребывания в Калькутте, в 1265/1848 году исма'илитский имам навсегда поселился в Бомбее. Это событие знаменует собой начало современного периода в истории исма'илитов низаритов.
Ага-Хан I стал первым исма'илитским имамом своей ветви, который поселился в Индии. Низариты ходжа, представлявшие собой на протяжении нескольких столетий крупную общину, получили наконец возможность принять имама в своей среде. С этого момента передача их религиозных взносов стала более регулярной и приобрела упорядоченный характер. Вскоре имам учредил тщательно спланированные штаб-квартиры и резиденции в Бомбее, Пуне и Бангалоре. В случае каких-либо особых религиозных событий он присутствовал в главной
Как духовный глава мусульманской общины, Ага-Хан I получил защиту от британского истеблишмента в Индии, что укрепило и упрочило его положение. Тем не менее поначалу он испытывал серьезные трудности в упрочении своей религиозной власти. На Индийском субконтиненте низариты ходжа оставались без пира достаточно продолжительное время. Исма'илизм
Именно в таких условиях Ага-Хан I развернул широкомасштабную кампанию, целью которой стала вербализация представлений о том, что же определяет особую религиозную идентичность его последователей ходжа. В 1861 году имам распространил документ, который характеризовал религиозные верования и практику исма'илитов низари-тов, предлагая каждому ходжа подписать его. По существу, подписан-тов просили продемонстрировать свою верность имаму и ши'итской исма'илитской мусульманской вере, в том виде, как ее интерпретировал сам имам. Этот документ, своеобразная веха в подтверждении низаритской исма'илитской идентичности, получил широкое распространение в Бомбее и других местах. Подавляющее большинство исма'илитов ходжа согласилось его подписать. Однако одна небольшая группа инакомыслящих настаивала на спорном характере авторитета Ага-Хана I и отказывалась признавать исма'илитскую идентичность своей общины. События достигли кризисной точки в 1866 году, когда диссиденты ходжа обратились со своим делом в Верховный суд Бомбея. В ходе длительных слушаний этого так называемого «Процесса Ага-Хана» имам предоставил различные документы по истории общины и свой мандат на руководство ею. Детальное судебное разбирательство обернулось в конце концов против истцов и в пользу исма'илитского имама по всем пунктам обвинения