В 1905 году, когда имам был в Восточной Африке, часть членов его семьи подала против него иск в Верховный суд Бомбея. Суд восстановил статус имама в семье и общине, приняв решение против истцов, предводительствуемых двоюродной сестрой Ага-Хана Хаджжи Биби. Решение суда содержало ряд более конкретных частных определений; так, в нем были конкретизированы особенности идентичности исма'и-литов низаритов и проведено различие между ними и ши'итами двуна-десятниками. В дальнейшем Ага-Хан Ш предпринимал систематические усилия для того, чтобы дать вербализованное описание идентичности его последователей, отделяя их от ши'итов двунадесягников, равно как и от суннитов. Таким образом, в течение некоторого времени его религиозная политика была сконцентрирована на утверждении и пересмотре основ идентичности его последователей исма'илитов низаритов, которым при этом вменялось в обязанность уважать традиции других мусульманских общин. Эта идентичность была разъяснена в основных постановлениях, адресованных имамом своим последователям в различных регионах, первое из которых вышло в 1905 году в Занзибаре. Вскоре эта политика положила конец редким выходам из общины групп инакомыслящих, также как и практике поглощения исма'илитов окружающими их общинами суннитов и ши'итов двунадесягников, коренившейся в стародавней системе
Тем временем исма'илитский имам все больше углублялся в поли тику реформ, которая могла принести выгоды не только его последователям, но и другим мусульманам. Он инициировал различные образовательные реформы и сыграл главную роль в преобразовании мухаммаданского Англо-восточного колледжа в Алигархе в ведущий университет; он же стал и одним из основателей Всеиндийской мусульманской лиги. В то же время Ага-Хан Ш включился в индийские дела и действенно участвовал в судьбоносных дискуссиях, которые привели в конечном счете к независимости Индии и Пакистана от британского владычества. Во время Первой мировой войны имам опубликовал книгу, в которой изложил свои взгляды на будущее Индии
Одновременно с определением и разграничением идентичности исма'илитов Ага-Хан III особенно энергично работал над консолидацией и организацией своих последователей в современную мусульманскую общину с высоким образовательным цензом, уровнем здоровья и благосостояния. Проведение задуманных им реформ требовало, однако, необходимых учреждений и административной организации. Развитие новой общинной структуры стало основной задачей имама, которой в течение нескольких десятилетий он отдавал много времени и значительные финансовые ресурсы.
В 1905 году Ага-Хан Ш издал свод письменных правил и постановлений, который, по существу, стал первой конституцией его общины в Восточной Африке. Эта конституция, как и другие, составленные позже для других регионов, представляли частный закон общины, трактуя, в первую очередь, вопросы наследования, брака, развода, опекунства и т. д.