В Персии низариты были оставлены без действенного лидера вплоть до кончины Ага-Хана I в 1257/1841 году. Небольшие разбросанные ис-ма'илитские общины Персии вновь обратились к строгой маске ши'итов двунадесятников, официальной религии Персии. Позднее уже из Бомбея Ага-Хан I назначил Мирзу Хасана, родом из селения Сидих (Южный Хорасан), наблюдать за делами своих последователей в Персии. После смерти Мирзы Хасана около 1305/1887 года его привилегированный пост унаследовал его сын Мурад-мирза. К этому времени персидские исма'илиты уже не имели непосредственных контактов со своим имамом, и Мурад-мирза следовал теперь своим собственным лидерским амбициям. В частности, он претендовал на ранг
Тем временем Ага-Хан III предпринимал попытки установить свой контроль над персидской общиной, для чего посчитал нужным привлечь Мухаммада 6. Зайна ал-'Абидина, широко известного как Фи-да'и Хорасани, самого высокообразованного персидского исма'илита того времени. В течение 1313–1324/1896—1906 годов Фида'и Хорасани трижды приезжал в Бомбей, чтобы повидаться с имамом, и в итоге был назначен им
Ага-Хан Ш распространил, хотя и в ограниченном виде, свою модер-низаторскую политику на Персию, особенно в области образования. В Хорасане, где в настоящее время сконцентрирована значительная часть общины, была успешно введена программа под лозунгом «Школа в каждом селении исма'илитов». В настоящее время около 30 тыс. исма'илитов низаритов проживают в Персии, примерно половина из них — в провинции Хорасан. Другие персидские низаритские общины расположены в Тегеране, Махаллате и окружающих селениях, а также в Кермане, Шахр-и Бабаке, Сирджане, Йезде и их окрестностях. Бывает и такое, что жители многих селений, часто родственники, принадлежат к обеим общинам, исма'илитам и двунадесятникам, что является результатом многовековой практики приспособления и ассимиляции к доминировавшему в регионе религиозному окружению
Нам доступно не слишком много сведений, относящихся к современной истории исма'илитов низаритов Афганистана и Центральной Азии, так же как и общин, расположенных в северных районах Пакистана. Исма'илиты этих горных районов, живущие в центре хребтов Памира, Гиндукуша и Кара-Корума, не желая проникновения посторонних, исторически были изолированы от других исма'илитских общин. До недавнего времени они не имели возможности контактировать со своим имамом или назначенным им представителем. В результате исма'илиты Центральной Азии и прилегающих территорий развивались автономно под руководством местных