Однако подобная оценка сбрасывает со счетов и те средства, которыми испанцы пользовались для достижения своей цели, и уместность сравнения в целом. В Северной и Южной Америке господствовало стереотипное восприятие коренных народов как грубых, примитивных и нецивилизованных, и этот стереотип провоцировал не только жестокость по отношению к ним и стремление воевать до полного уничтожения, как это было в Мексике, но и истребление всех их отличительных особенностей. Культовые сооружения уничтожались, обряды, которые считались неприемлемыми, искоренялись, при этом испанские авторы, описывая эти обряды, неизменно подчеркивали превосходство испанского правления. И хотя христианские богослужения в Испанской Америке могли содержать элементы компромисса, богослужение должно было быть именно христианским, и этот вопрос не подлежал обсуждению. Инквизиция активно участвовала в борьбе против коренных религий, сжигая идолов.
Это отличало Америку от Евразии. Пусть там тоже существовала заметная религиозная напряженность, но при этом завоевания Османской империи, Великих Моголов и маньчжуров не привели к уничтожению других религиозных практик. Однако испанцы и их потомки никогда численно не превосходили коренное и смешанное население. В результате, хотя испанцы и вели непрекращающуюся войну с языческими божествами и использовали труд местного населения, ослабляя положение коренной знати, при этом они оставляли большие участки земли в руках аборигенов, особенно тех, кто с готовностью вступил в союз с завоевателями.
Испанскую манеру переняли другие европейцы. Миссионерство считали проявлением превосходства, оправданием завоевания и способом обеспечить контроль над местным населением. В конечном итоге оно нанесло туземной культуре удар намного более сильный, чем это было, например, в Индии. Более того, это разрушило связи внутри коренного общества, что, наряду с болезнями, привело к его окончательному распаду. Таким образом, с самого начала завоевание в Новом Свете имело более масштабный и глубокий характер, чем в других регионах. Тут прослеживается идейная связь с той концепцией богоизбранности, под знаменами которой прошла еще Реконкиста. Не следует забывать и о том, что испанскую историю необходимо рассматривать в более широком контексте общеевропейского развития, и что жестокая политика Испании в Америке неразрывно связана с важнейшими событиями западной истории XVI века. Испанию очень беспокоило наступление возрожденного ислама в лице Османской империи и связанное с этим порабощение христиан. Ситуацию осложняла Реформация. С ней напрямую был связан значительный рост религиозного насилия внутри христианского мира, особенно повсеместно распространившийся обычай принижения инакомыслящих, которых приравнивали к животным.
В Новом Свете, если встречались между собой представители разных западных миров, столкновение оборачивалось резней – и это несмотря на то (а отчасти и благодаря тому), что европейцы были там в меньшинстве. Например, в 1565 году испанские войска перебили гугенотов (французских протестантов), обосновавшихся во Флориде. Противников убивали, чтобы не держать пленных, но главную роль все же играла религиозная нетерпимость, уверенность в собственной правоте, а также осознанное стремление уничтожать тех, кто мог представлять угрозу. Точно так же в Средиземноморье, где христиане и мусульмане активно обращали друг друга в рабство, христианам не приходилось рассчитывать на милость единоверцев.
Имея дело с ацтеками и инками, испанцы разрушали империи, но в других регионах Северной и Южной Америки все было иначе, поскольку здесь завоевателям противостояли отдельные племена. Впрочем, это отнюдь не значит, что с ними процесс происходил одинаково, ведь племена проживали в разных природных условиях и стояли на разных ступенях экономического, социального и политического развития. Некоторые племена были высокоразвитыми, как, например, занимавшиеся добычей изумрудов чибча-муиски из высокогорных районов Колумбии, покоренные в ходе грабительской испанской экспедиции в 1536 году. Сопротивление коренных жителей в сочетании с труднопроходимой местностью создавало для испанцев огромные трудности. Бернардо Варгас Мачука, находившийся с 1580-х годов в Венесуэле, Панаме и Колумбии, писал об опасности, которую представляли традиционные тактики коренных народов (отравленные стрелы, сброшенные с высоты огромные камни, засады и ямы), и о способности местного населения замечать и использовать в своих интересах недостатки испанского вооружения (подмоченный дождями порох).
Масштабы и характер испанского имперского присутствия в немалой степени зависели от силы местного сопротивления. Там, где испанцы не получали поддержки коренного населения, как это было, например, в центральной части Чили, их ждали серьезные трудности. В Чили испанцев вытеснили из южной Центральной долины в 1598–1604 годах, после чего река Био-Био стала границей, и арауканы по ту сторону реки сохранили независимость.