Силы обеих сторон консолидировались в течение июля 1936 года, подавлением местной оппозиции занимались летучие отряды. Все это сопровождалось разгулом насилия и убийством всех, кого подозревали в ненадежности. В республиканских областях насилие имело квазиреволюционный характер, под этим предлогом убивали представителей духовенства. По меньшей мере 8000 мирных жителей были казнены в Мадриде в первый год войны. Убийства и репрессии осуществлялись всеми группами Народного фронта. Лидер партии «Фаланга» Примо де Ривера был казнен республиканцами в Аликанте, что избавило Франко от соперника, которого он презирал. Националисты точно так же убивали в соответствии с собственными представлениями о порядке, но делали это более организованно. Британский дипломат Дж. Х. Томпсон писал, что видит «одинаковые репрессии, один и тот же террор» с обеих сторон.
Фактически обе стороны проводили жестокую политику и совершали ужасные преступления. Не в последнюю очередь это было вызвано стремлением установить контроль: через кровопролитие, проявляя насилие в отношении тех, кого считали противниками, победители имели больше возможностей навязывать свой порядок. В XIX веке практика военного насилия была широко распространена в Испании, в Португалии и Латинской Америке. Отчасти это было пагубным следствием дестабилизации, вызванной наполеоновским завоеванием в 1808 году. В ХХ веке старые песни зазвучали на новый лад, что хорошо заметно, например, по ситуации на Балканах. К крайним формам насилия, таким как действия националистов в Севилье в 1936 году, прибегали независимо от того, было ли это действительно необходимо для достижения конкретных целей. Африканская армия генерала Франсиско Франко действовала с особой жестокостью, непропорционально задачам: репрессии продолжались и после захвата определенных позиций – и даже после войны.
К концу июля 1936 года Испания оказалась разделена на две зоны. Республиканцы контролировали столицу, Мадрид, а также большую часть населенных и промышленных областей, они имели поддержку флота и большей части военно-воздушных сил. На стороне националистов было большинство боевых подразделений армии, они заняли сельские регионы. Ядром националистов была опытная, закаленная операциями в Марокко Африканская армия, важную роль сыграло вмешательство Германии – на помощь Франко начиная с 29 июля были переброшены по воздуху из Марокко около 14 000 немецких солдат. Таким способом националистам удалось обойти блокаду, поставленную испанским флотом. Кроме того, везде, где можно, они привлекали на службу резервистов и преобразовывали ополчение правых сил в армейские подразделения.
Когда Вторая республика была упразднена, республиканцам стало гораздо труднее организовать эффективную армию, отчасти из-за политических разногласий, а отчасти потому, что им, и особенно их ополченцам, не хватало дисциплины и опыта планирования. Военные, сохранявшие верность республике, с трудом находили общий язык с социалистами, анархистами, регионалистами и другими добровольными ополченцами. Военный мятеж, вооружение рабочих и выход на первые роли ополчения только обострили ситуацию. Все это мешало эффективной боевой подготовке имеющихся сил и снижало их боевые характеристики. Кроме того, ополченцам недоставало снаряжения. Коммунисты выступали за более централизованный подход и призывали организовывать ополченцев в регулярную армию.
Разногласия в стане республиканцев отчетливо проявились в мае 1937 года (так называемые Майские события), когда в Каталонии, в первую очередь в Барселоне, вопрос о месте анархистов в республиканском лагере был поставлен ребром, что вылилось в беспорядки, уличные бои и церковные погромы. В тот раз анархисты были жестоко подавлены альянсом коммунистов и каталонских националистов. Во многом решительность этих действий объяснялась влиянием Сталина. Его задачей было не допустить к власти марксистов, не поддерживавших Коминтерн (Коммунистический интернационал). Противники Сталина считали, что он пытается помешать социальной революции, а его сторонники – что он противостоит фашистам и действует в интересах Народного фронта.