Вдали от вулканов остров Святого Иакова кишел жизнью. Дарвин собирал образцы практически всех растений, но животных брал лишь самых интересных, поскольку лично выступал в роли таксидермиста и вынужден был хранить скелеты в собственной каюте до того момента, пока не удастся их законсервировать. На острове было множество птиц, которые и составляли основную часть его коллекции. Птицы здесь были непугаными и ловились легко. Однажды Дарвин вплотную подошел к ястребу и смог дотронуться до него дулом ружья.
Почти повсюду на островах архипелага встречалось множество птиц одного вида[34]
. В дневнике Дарвин называл их испанским словом thenka – так на материковой части Южной Америки называли птиц, которых Дарвин определил как пересмешников, на островах эти птицы особенно сильно его заинтересовали. За две недели до прибытия на остров Джеймс «Бигль» останавливался у тюрьмы на острове Чарльз (Санта-Мария). Заключенные утверждали, что на каждом острове живут особые черепахи, которых можно узнать по панцирю. Вице-губернатор уверял, что по виду черепах может определить, на каком острове находится. Дарвин не придал большого значения этим утверждениям. На острове Джеймс у него была возможность хорошенько рассмотреть черепах, и они показались ему совершенно такими же, как те, что он видел до сих пор. Но, когда он начал обращать внимание на небольшие различия между пересмешниками, он вспомнил, что услышал на острове Чарльз. Птицы с разных островов различались между собой по размеру и форме клюва: у одних птиц клювы были крупнее, у других меньше, у одних узкими и острыми, у других широкими и загнутыми книзу. К моменту прибытия на остров Святого Иакова Дарвин начал различать, с какого именно острова происходит каждая птица в его коллекции.К этому времени Дарвин закончил читать следующий том «Принципов геологии» Лайеля, высланный ему Генслоу в Уругвай. Лайель по профессии был юристом и во втором томе книги все свои блестящие знания и логические способности направил на опровержение идеи Ламарка о трансмутации. В геологии Земли Лайель видел великую трансформирующую силу, но не видел ничего подобного, когда речь шла о населяющих Землю растениях или животных. Ламарк считал, что с помощью окаменелостей можно доказать изменчивость видов во времени. А Лайель полагал, что окаменелости свидетельствуют о вымирании видов, на смену которым Господь создавал новых, более жизнеспособных существ. Появление этих новых существ объясняло довольно резкие изменения типа окаменелостей: не видно было естественной связи между вымершими и новыми видами. Появление каждого нового вида казалось чудом.
На Галапагосских островах Дарвин начал постепенно, с большой осторожностью, склоняться к мнению Ламарка относительно трансмутации. В обитавших на островах пересмешниках он увидел доказательства постепенного изменения видов в соответствии с требованиями окружающей среды, о чем и говорил Лайель, но пока у него не было твердой уверенности. Да, птицы различались, но Дарвину казалось, что они все же были вариантами одного вида. Он отразил свои мысли в орнитологическом дневнике. Если бы эти птицы оказались не вариантами одного вида, а представителями разных видов, «подобный факт подрывал бы идею о постоянстве видов». Их близкое соседство на островах и заметное сходство не могли быть случайностью, но указывали на происхождение от общего предка. Дарвин начинал узнавать описанный Лайелем процесс не только в геологии Земли, но и в самой жизни. Находясь на Галапагосских островах, Дарвин написал: «По-видимому, мы близко подошли к этому великому событию, загадке из загадок – первому появлению новых существ на Земле». Прошло еще 19 лет, прежде чем он объяснил, что имел в виду.
Последний год путешествия после Галапагосских островов «Бигль» провел в Тихом океане, обогнул Африку и в октябре 1836 г. прибыл в Англию, в портовый город Фалмут. В газетах появились отчеты об экспедиции, а Дарвин обнаружил, что за время его отсутствия в Англии его репутация в научном мире значительно укрепилась. На протяжении пяти лет Дарвин вел переписку с Генслоу, причем результаты геологических изысканий Дарвина настолько впечатлили его бывшего профессора, что тот собрал их в брошюру, которую распространил среди других натуралистов. Одна копия досталась Лайелю. Он не мог дождаться возвращения молодого человека, называвшего себя «последователем» Лайеля.