Под давлением политиков и журналистов, уверенных, что столицу конфедератов в Ричмонде можно захватить внезапным ударом, Линкольн не прислушался к доводам командующего Уинфилда Скотта, утверждавшего, что войска, расквартированные в Вашингтоне, не могут идти в бой без дополнительной подготовки, и приказал генералу Ирвину Макдауэллу с 30-тысячной армией атаковать войска конфедератов под командованием генерала Борегара вблизи городка Манассас-Джанкшен на реке Булл-Ран, примерно в 55 километрах юго-западнее Вашингтона. Противники встретились 21 июля, и поначалу бой складывался в пользу федеральных войск. Но подошедшие из долины Шенандоа подкрепления конфедератов под командованием генерала Джозефа Джонстона вынудили армию Союза в панике бежать назад к Вашингтону. За свою стойкость в сражении при Булл-Ране генерал конфедератов Томас Джонатан Джексон был прозван Каменной Стеной. Теперь Линкольн осознал правоту генерала Скотта, настаивавшего на необходимости подготовки войск. Макдауэлла сменил генерал Джордж Б. Макклеллан, который выиграл несколько боев в Западной Вирджинии и после отставки генерала Скотта стал командующим федеральными войсками.
После того как американский военный корабль остановил британский пароход «Трент» и снял с него эмиссаров конфедератов Джеймса М. Мейсона и Джона Слайдела, направлявшихся в Англию, едва удалось избежать кризиса в отношениях с Великобританией. Госсекретарь Сьюард предотвратил его, приказав освободить задержанных. Он объявил, что американский корабль действовал неправильно, не доставив «Трент» и посланников в порт для принятия решения морским судом.
21 октября войска Союза потерпели нелепое поражение у Боллс-Блаффа вблизи Вашингтона. Недовольные радикальные республиканцы настаивали на более активном ведении войны и на отмене рабства. Под предводительством сенаторов Бенджамина Уэйда от Огайо, Закарии Чандлера от Мичигана и конгрессмена Тадеуша Стивенса они призвали к созданию Объединенного комитета по ведению войны, вероятно, в ответ на действия Линкольна, принявшего соответствующие полномочия. 9 декабря 1861 г. конгресс, собравшийся на регулярную сессию, одобрил создание Объединенного комитета конгресса по ведению войны, предоставив ему широкие полномочия по расследованию, вызову лиц для дачи показаний и истребованию документов, имеющих отношение к ходу войны. В комитет вошли три сенатора – Чандлер, Уэйд и Эндрю Джексон из Теннесси, представитель демократов, единственный сенатор США от отколовшегося штата, отказавшийся последовать примеру своих коллег-южан, и четыре конгрессмена – республиканцы Джордж У. Джулиан из Индианы, Дэниэл У. Гук от Массачусетса, Джон Ковоуд от Пенсильвании и Мозес Оделл, демократ из Нью-Йорка. Уэйд возглавил комитет, в котором преобладали радикальные республиканцы. Никто из членов комитета не обладал глубокими познаниями в военном деле, но все они питали к военным недоверие, если не презрение, и использовали любую возможность поставить в неловкое положение или унизить генералов Союза.
При этом они злоупотребляли своей властью. Комитет провел расследование по подозрению в мошенничестве и некомпетентности в Военном министерстве, вмешивался в вопросы государственной безопасности, даже разбирал слухи о том, что жена президента, Мэри Тодд Линкольн, была шпионкой конфедератов. Хуже того, он постоянно упрекал президента в нежелании немедленно освободить рабов и в неспособности найти нужных людей для быстрого и успешного завершения конфликта. Кто-то назвал комитет «вредной организацией, присвоившей себе диктаторские полномочия». Объединенный комитет вызывал генералов для дачи показаний, а затем задавал им бессмысленные вопросы, такие как: «Что вы знаете о войне?» Нередко некомпетентные и угодливые генералы «бранились, говорили банальности, критиковали и выдвигали глупые возражения, высказывали полуправду и явную ложь, а августейший и прозорливый комитет слушал их развесив уши». Такие показания были именно тем, что хотели услышать члены комитета, – все, что угодно, лишь бы принизить военных. За свою славную историю комитет создал восемнадцать томов докладов по целому ряду военных поражений и подготовил документы, повредившие репутации многих неугодных им генералов, в частности генерала Макклеллана, которого члены комитета невзлюбили за то, что он упустил инициативу и не обеспечил победы в сражениях.
6 января 1862 г. комитет встретился с Линкольном и его кабинетом и записал в отчете: «…Представляется, что ни президент, ни его советники не имеют никакой определенной информации относительно ведения войны или неспособности наших войск хоть как-то продвинуться вперед».