Епифаний не был Москвич и не смотрел на события московскими глазами: как в житии Стефана он упрекнул москвичей за недостаточное признание подвигов пермскаго просветителя, так и здесь в правдивом разсказе о переселении Сергиева отца из Ростова не задумался выставить главной причиной события московския насилия. Пахомий передал факт без объяснений. Сергий, уходя в пустынь, отдает свою долю отцовскаго наследства – у Епифания – младшему брату, у Пахомия – бедным, ибо так лучше сказать в житии; Епифаний просто говорит, что в лесу, где поселился Сергий, было много зверей и гад, у Пахомия бесы преображались в зверей и змей и нападали на Сергия; по разсказу Епифания, Сергий ушел из своего монастыря на Киржач вследствие того, что некоторые из братии не желали иметь его игуменом и во главе их был родной брат его Стефан, однажды в церкви изрекший на Сергия «многа, еже не лепо бе»; Пахомий нашел неуместным напоминать братии об этом неприятном деле и объяснил удаление Сергия желанием отыскать место для безмолвия, которое постоянно нарушали богомольцы, во множестве приходившие в монастырь. Наконец, кроме этих поправок, вызванных соображениями редактора, у него есть неточности, происшедшия от недосмотра. Он знает о жизни Сергия не больше Епифания, хотя в послесловии ссылается на разсказы других братий монастыря; он вносит в биографию свои мысли, приемы изложения, свой прагматизм, но не вносит новых биографических черт. Относясь к своему труду преимущественно как стилист, равнодушный к историческому факту, он менее заботится о точности и последовательности разсказа. Епифаний внимательно следит за постепенным образованием небольшой монашеской общины около радонежскаго пустынника, за ея первоначальной жизнию и развитием монастыря в связи с распространением его известности. Пахомий стирает эти любопытныя подробности своими общими местами, не думая о связи событий, и вслед за описанием уединенной жизни Сергия говорит уже о многочисленной братии, привлеченной к нему всюду разносившейся славой его подвигов, не поясняя, кто видел эти подвиги пустынника, не видавшаго лица человеческаго. Иногда Пахомий без всякой причины изменяет порядок статей оригинала или, опустив одну статью, удерживает ссылку на нее, сделанную Епифанием в другой дальнейшей. Таким образом, рядом с уцелевшей Епифаниевской биографией редакция Пахомия имеет некоторую цену как исторический источник только благодаря дополнительным статьям об открытии мощей и посмертных чудесах святаго.
Как библиографическая история жития митр. Алексия, так и его фактическое содержание представляют много темных, едва ли даже разъяснимых пунктов. Над обработкой этого жития трудился ряд писателей, начинающийся Питиримом в половине XV в. и оканчивающийся чудовским иноком во второй половине XVII в. Пахомий только наиболее известный автор из этого ряда. История жития тесно связана с судьбою мощей Св. Алексия и начинается с их обретения. Сказание о нем было обработано в нескольких редакциях. Две из них встречаются в списках Пахомиева жития Алексия, одна краткая, другая распространенная, обе с 8 или 9 чудесами. Третья есть переделка пространной статьи Пахомиевскаго жития и прибавляет к ея чудесам новое – об исцелении чудовскаго инока хромца, сокращая пространное сказание об этом митр. Феодосия. Наконец, 4-я редакция, с витиеватым предисловием, имеет характер церковной беседы на праздник обретения мощей 20 мая: это другая переделка Пахомиева сказания, составленная в Чудовом монастыре в XVI в. при митр. Макарие, с новыми фактическими подробностями и с прибавлением повести о вторичном перенесении мощей Алексия после 1483 г. Время обретения мощей определяется в этих редакциях сказания двумя противоречащими друг другу известиями: