В рукописях XVI в. встречается особая редакция жития Варлаама Хутынскаго, отличающаяся и от краткой первоначальной, и от Пахомиевской: от последней – отсутствием предисловия и большей краткостью в изложении одинаковаго содержания, от первой – описанием чудес при жизни и по смерти Варлаама, чего нет в первоначальной редакции. По некоторым признакам можно видеть, что эта редакция есть по времени происхождения вторая обработка жития, предшествовавшая Пахомиевской. В сказании о чуде Варлаама 1460 г. Пахомий замечает, что больной постельник великаго князя «издавна имяше у себя житие преп. Варлаама и часто прочиташе того чюдеса». Это замечание не может относиться ни к Пахомиевой редакции, составленной не раньше того года, в январь котораго совершилось чудо, ни к первоначальной, в которой нет чудес. Разсказ о «благовещании отрока», одном из чудес святаго при жизни, вторая редакция начинает фразой, в которой можно видеть хронологическое указание: «Бе бо, рече, тогда князь в Великом Новеграде, якоже обычай есть того града гражаном своею волею князя држати». Едва ли можно было выразиться так во второй половине XV в., и Пахомий, воспроизводя это чудо в своей редакции, должен был сказать просто: «Прииде князь... его же своею волею себе имиху». Наконец, описанию посмертных чудес разсматриваемая редакция предпосылает заметку, что эти чудеса «не пред многими леты сдеашася», а последнее из них, исцеление кн. Константина, по известию в некоторых списках редакции, относится ко времени вел. кн. Василия Димитриевича, когда Константин был наместником в Новгороде, следовательно, совершилось в 1408–1411 гг. Эти чудеса, очевидно, и вызвали в начале XV в. пересмотр и дополнение древнаго краткаго жития, следствием чего была эта вторая его редакция.