В восьмидесятых годах XVII столетия монастырь пришел в ветхость и потом, неизвестно каким образом, лишился земли на Слуде, леса на речке Крутице и Чудского бортного ухожья; за ним только остались Муромский остров и земля между Керженцем и Нуженкою, на которые, по челобитной игумена Иакова, вместо обветшалых грамот царей Иоанна Васильевича и Феодора Иоанновича Петр Великий пожаловал в 1697 году новую грамоту.
После статридцатилетнего существования церковь Духовского монастыря сделалась совершенно неудобной к богослужению, почему и была построена новая каменная в честь Сошествия Святого Духа с приделом св. апостолов Петра и Павла. Митрополит Исаия освятил этот придел 15 января 1703 года. Новый храм имел внутреннее убранство точно в том же виде, какое было в первоначально основанной церкви.
При архиепископе Питириме, ревнителе православия, очищавшем землю Низовскую от расколов, настоятели Духовского монастыря были сделаны судиями по делам раскольническим, а самый монастырь, как ближайший к дому архиерейскому, сделан был местом, где заблудшие в расколе обращались в недра православия и укреплялись в истинах религии.
В 1724 году по ходатайству Питирима Святейший Синод, с утверждения императора Петра Великого, обратил этот монастырь в домовой архиерейский; с того времени настоятели его стали именоваться вместо игуменов архимандритами. К нему были приписаны четыре монастыря, также домовых архиерейских, а именно: Живоносновский и Ивановский в Нижнем Новгороде, Казанский в известном селе Лыскове и Николаевский на речке Кезе, в нынешнем Семеновском уезде. Для увеличения не очень-то больших доходов Духовского монастыря Питирим в 1730 году отдал в его владение две лавки, находившиеся на Нижнем базаре в рукавичном ряду.
В последние годы управления Нижегородской епархией преосвященного Питирима в Духовском монастыре было братий с настоятелем только девять человек. На монастырской земле, подле монастыря, жило 27 бобылей; в 1748 году их увеличилось до 62. В то время монастырь получал доходов 78 рублей 10 копеек[383]
.Богослужение в нем совершалось ежедневно по уставу.
В 1738 году церковь была поправлена; потом через 23 года в приделе ее произошел пожар, от которого придел сгорел совершенно, но из главного храма иконы и прочие церковные принадлежности были спасены; после чего придел был упразднен.
После Питирима Духовской монастырь поддерживался тем, что, будучи домовым архиерейским, стоял рядом с домом самих архиереев; но когда епископ Феофан в 1762 году перешел из кремля в нынешний архиерейский дом, Духовской монастырь потерял всякое значение и при составлении штатов в 1764 году был обращен в приходскую церковь. Таким образом кончилось существование Духовского монастыря через 190 лет после его основания.
Духовская приходская церковь не владела Муромским островом, также и лавки, данные монастырю Питиримом, отошли от нее в 1782 году, когда был построен на Нижнем базаре гостиный двор; но воды и покосы между Керженцем и Нуженкой были в ее владении; также она пользовалась ругою за Гривку и оброком с живущих на церковной земле бобылей, которых в 1768 году было 54 человека. Все это приносило ей дохода до 65 рублей. Кроме того, приход ее состоял из 60 дворов.
В 1798 году, по высочайшему повелению императора Павла I, Духовская церковь была отдана для служения единоверцам, которые в 1800 году пристроили с южной стороны ее придел во имя Покрова Пресвятой Богородицы.
Вместе с церковью единоверцы получили воды и покосы, но руги и оброка с бобылей они уже не получали. В 1803 году большая часть земли, принадлежавшей Духовской церкви, была отдана по указу Синода крестьянам Ивановской экономической волости, у которых был недостаток в угодьях, и за которых ходатайствовал Межевой департамент правительствующего сената. Сорок два года владели единоверцы церковью Святого Духа, стараясь о благолепии ее.
В 1836 году государь император Николай Павлович, вторично посетив Нижний Новгород и обозрев начало работ, возникавших по его повелению в кремле и городе, высочайше повелеть соизволил: церковь Святого Духа, отделав снаружи и украсив внутри, отнюдь не переменяя старого иконостаса и древних икон, причислить к военно-губернаторскому дому, а единоверцам отдать церковь Симеона Столпника.
В 1840 году единоверцы сдали свою церковь со всем ее имуществом в ведение гражданского начальства. В следующие за тем два года в ней производились работы. Снаружи она была отделана заново в византийско-русском вкусе, по проекту Тона. Вместо прежней небольшой главы на ней был сделан огромный купол. Придел Покрова Богородицы был упразднен, но внутри главного храма согласно высочайшей воле вся древность была оставлена.