В малых экономических субъектах дополнительный риск средств контроля возникает в области использования систем компьютерной обработки данных. Если в таком экономическом субъекте применяется единичный компьютер с упрощенной программой учета, для единичного бухгалтера или ограниченного числа учетных работников появляется возможность вводить несогласованные данные в систему учета, произвольным образом менять программную оболочку и базы данных, вносить в систему операции «задним числом», проводить операции, не получившие одобрения или утверждения в установленном порядке (п. 2.5. Правил аудиторской деятельности «Особенности аудита малых экономических субъектов»).
Преобладающее влияние владельца и (или) единоначального руководителя на все стороны деятельности малого экономического субъекта может иметь как положительное, так и отрицательное воздействие на систему внутреннего контроля и достоверность бухгалтерской отчетности такого субъекта. С одной стороны, персональный контроль руководителя может способствовать повышению надежности учета экономического субъекта в ситуации, когда альтернативные средства внутреннего контроля по объективным причинам затруднены или невозможны. С другой стороны, преобладающее влияние руководителя может способствовать нарушению общеустановленных контрольных процедур, повышать риск нарушения законодательства, способствовать появлению преднамеренных существенных искажений бухгалтерской отчетности (п. 2.6. Правил аудиторской деятельности «Особенности аудита малых экономических субъектов»).
Поскольку документирование изучения и оценки системы бухгалтерского учета и системы внутреннего контроля должно соответствовать масштабу проверяемого экономического субъекта, для малых экономических субъектов такое документирование может проводиться в упрощенном виде по сравнению с документированием иных экономических субъектов (п. 2.7. Правил аудиторской деятельности «Особенности аудита малых экономических субъектов»).
На стадии предварительного планирования сотрудникам аудиторской организации следует ознакомиться с системами бухгалтерского учета и внутреннего контроля экономического субъекта. В случае, если из-за недостатков этих систем, связанных с особенностями малых экономических субъектов, получение надлежащих аудиторских доказательств, необходимых для подготовки полноценного аудиторского заключения, не представляется возможным, аудиторской организации целесообразно отказаться от работы с данным экономическим субъектом. Если соответствующие обстоятельства стали ясными сотрудникам аудиторской организации уже в ходе проведения аудита, целесообразно приостановить работу с данным экономическим субъектом либо подготовить по результатам аудита аудиторское заключение, отличное от безусловно положительного (п. 3.1. Правил аудиторской деятельности «Особенности аудита малых экономических субъектов»).
Перед началом аудита малого экономического субъекта особенно важным является согласование в договоре или письме-обязательстве условий проведения аудита, прав и обязанностей аудиторской организации и экономического субъекта. При этом следует руководствоваться требованиями правил (стандартов) аудиторской деятельности «Права и обязанности аудиторских организаций и проверяемых экономических субъектов», «Письмо-обязательство аудиторской организации о согласии на проведение аудита» и «Порядок заключения договоров на оказание аудиторских услуг». Как и в случае аудита любых экономических субъектов, в ходе аудита малых экономических субъектов следует тщательно планировать работу, анализировать специфику деятельности данного субъекта, изучать системы бухгалтерского учета и внутреннего контроля. При этом следует руководствоваться требованиями правил (стандартов) аудиторской деятельности «Планирование аудита», «Понимание деятельности экономического субъекта» и «Изучение и оценка систем бухгалтерского учета и внутреннего контроля в ходе аудита». Сотрудникам аудиторской организации необходимо оценить, позволяют ли системы бухгалтерского учета и внутреннего контроля собрать аудиторские доказательства, необходимые для подготовки мнения аудитора.