Официальный отчет по Морскому министерству свидетельствовал о том, что в 1906-1910 гг. некомплект штаб-офицерских чинов (капитанов 1 и 2 рангов) составлял 2-11%, обер-офицерских – 32-46%. Чтобы как- то сохранить плавающие корабли, пришлось пойти на неслыханную меру – оставить на службе до 1907 года 75 прапорщиков по Адмиралтейству, призванных из запаса на время войны.
25 апреля 1906 г. "Россия" и "Громобой" ушли в Кронштадт, где и прекратили существовать как боевые корабли. 8 мая 1906 г. командир Лилье докладывал Главному командиру флота и портов и начальнику морской обороны Балтийского моря о том, что в команде его корабля осталось лишь 296 нижних чинов и совсем нет офицеров, кондукторов и квартирмейстеров. "Дальнейшее уменьшение численности команды до окончания разоружения приведет к полному разорению имущества корабля. Со спуском вымпела необходимо обеспечить пары в одном котле. Важно, чтобы сохранность имущества продолжала оставаться в руках своей, а не чужой команды. Чтобы избежать всех этих неприятностей, надо сохранить хотя бы ту команду, что осталась, и назначить корабль на портовое отопление до ввода в док.
Из офицеров следует назначить старшим офицером капитана 2 ранга Н.М. Григорова (1873-1944, Ницца), ротным командиром лейтенанта Н.А. Гудима (1882-1915 с экипажем на ПЛ "Акула"), и.д. ревизора лейтенанта П.А. Новопашенного (1881-1950 в советском лагере в Орше после эмиграции), трюмным механиком штабс-капитана Н.А. Мартынова (18781933 в эмиграции), младшим инженер-механиком поручика Б.В. Жданова (1881-?), и.д. старшего судового врача коллежского асессора В.И. Бологовского (1870-?), артиллерийского содержателя титулярного советника Хализова и и.д. шкипера подпоручика по адмиралтейству Я.З. Торопова (1871-?) – писал командир "России" в своем рапорте.
11 мая начальник штаба Кронштадтского порта Петров сообщил командиру о разрешении начальства "назначить небольшую часть команды при двух офицерах". Затем все же разрешили сохранить командира, старшего офицера, ревизора, старшего механика, трюмного механика, всех содержателей и всех кондукторов. Фактически в конце мая на корабле оставалось 120 нижних чинов и 7 офицеров: пятеро, чьи фамилии названы выше, а также инженер-механик поручик А.П. Певцов (1880-?) и подпоручик по адмиралтейству Шолохов. Они и стали для корабля теми провожатыми, которые ввели его в изобиловавшую странностями и случайностями, недлительную ремонтную эпопею.
После обстоятельного осмотра котлов "России" и "Громобоя" комиссия порта приняла решение о необходимости их капитального ремонта. Адмиральские помещения предлагалось не трогать.
О катастрофическом положении с некомплектом машинных команд уже не раз говорилось в предшествующих работах автора. Все эти факторы проявились и в ходе ремонта "России", когда корабль оставался без команды и офицеров, и по окончании работ, когда экипаж принимались комплектовать заново.
Множество работ было выполнено по всем частям обширнейшего хозяйства двух огромных кораблей – "России" и "Громобоя". Чего стоило приведение в порядок изрядно износившейся за десять лет службы подводной обшивки корпуса. Окончательно устранили все повреждения, с которыми лишь частично удалось справиться во Владивостоке в обстановке военного времени и при ограниченных возможностях порта (он лишь к исходу войны сумел справиться с навигационным – по вине адмирала и командира – повреждением крейсера "Богатырь"). Но все эти обширные исправления при всей их необходимости (вроде перекоса расположившейся под кубриком, но совершенно бесполезной "погонной" 6-дм пушки) не составляли существенного улучшения боевой мощи корабля.
Даже увеличение числа орудий до 22 6-дм (против первоначальных 16, имевшихся в бою) составляло больше проблем, чем преимуществ. Половина из сохранившихся до начала первой мировой войны орудий трех калибров (4 8-дм, 22 6-дм, 15 75-мм), в силу применения бортовых палубных установок, была обречена в бою на бездействие, осложняла и делала ненадежной систему управления огнем. Проблемой становилось размещение и обучение увеличивающегося штата прислуги, отчего корабль требовал даже большей численности экипажа (до 1080 человек!) чем линейные корабли.
При огромном, постоянно держащем флот в напряжении некомплекте личного состава, содержание такой огромной массы людей на кораблях, вовсе не решавших исход эскадренного боя, было, конечно, ничем не оправданной роскошью. Естественно (исходя даже из концепции 1880-х годов), напрашивался ставший по опыту войны непреложным вывод о замене разношерстной множественной артиллерии небольшим количеством крупнокалиберных (пусть хотя бы 8-дм) орудий. Только они, в условиях явно обозначившейся тенденции неуклонно возраставшей дальности артиллерийского боя, могли считаться на корабле действительно полезным вооружением. Но предвидеть эту явно определившуюся тенденцию ни в МТК, ни в ГМШ, ни даже в МГШ были еще не готовы.