Изменить ход событий уже никто не мог. Уже в начале июня в Севастополе начались несанкционированные митинги. Там звучали обвинения в адрес командующего флотом, который по мнению некоторых матросов являлся крупным землевладельцем Юга России и был заинтересован в захвате проливов, т. е. в продолжении войны. Офицеров обвиняли в подготовке контрреволюционного заговора. 5 июня несколько офицеров было арестовано. Толпа требовала отобрать оружие у всех офицеров. По поводу этих событий состоялось экстренное делегатское собрание Совета, на котором Председательствующий отказался дать слово Колчаку, и командующий флотом покинул собрание. В его отсутствие было принято решение разоружить офицеров, о чем была разослана несанкционированная радиограмма.
На флагманском корабле линкоре «Свободная Россия» (прежде – «Георгий Победоносец») судовой комитет, разоружая офицеров, предложил сдать оружие и Колчаку. Он вынес из каюты свое почетное Георгиевское оружие – золотую саблю, врученную ему за Порт-Артур, и бросил ее в море, сопровождая словами: «Море мне ее дало, морю я ее и отдаю», а затем телеграфировал Временному правительству о своей отставке. Ночью с 6-го на 7-е июля пришла телеграмма от Временного правительства: «Временное правительство требует: 1) немедленного подчинения ЧФ законной власти, 2) приказывает адмиралу Колчаку и капитану Смирнову, допустившим явный бунт, немедленно выехать в Петербург для личного доклада, 3) временное командование ЧФ принять адмиралу Лукину…».
Что касается Георгиевского оружия, то «27 июля водолазом извлечена со дна бухты Георгиевская сабля адмирала Колчака, выброшенная им за борт. Сабля эта сдана на хранение командиру линейного корабля «Георгий Победоносец». (Газета «Крымский вестник» (Севастополь). 1917. 30 июля. № 176. С. 3).
Все знают дальнейшую судьбу адмирала Колчака. Остановимся на последних днях его жизни. В конце декабря 1919 года в Иркутске вспыхнуло восстание – его подготовил иркутский Политцентр, состоявший из эсеров и меньшевиков. Продвижение на восток было остановлено, вагон Колчака застрял в Нижнеудинске, тогда чехи в обмен на беспрепятственный проезд решили выдать адмирала и золотой запас восставшим. Умыл руки и французский генерал Жанен, обещавший Колчаку неприкосновенность, но не сдержавший своего слова. Уже 15 января следующего года Колчак был передан чехами иркутскому Политцентру и помещен в губернскую тюрьму. Через 6 дней власть в городе снова сменилась – Политцентр передал свои полномочия большевикам. Тем временем остатки армии Колчака под руководством генерала Каппеля двигались к Иркутску на выручку адмиралу.
Храбрость каппелевцев, несомненно, приблизила трагическую развязку, опасаясь освобождения Колчака, большевики приняли решение его убрать.
С Колчаком поступили примерно так же, как и с Царской семьей. Инициатива расправы с адмиралом с виду исходила с низу, хотя, на самом деле, не обошлось и без участия Москвы. 6 февраля иркутский Военно-революционный комитет постановил: бывшего верховного правителя – адмирала Колчака и бывшего председателя Совета министров – В.Н. Пепеляева – расстрелять. Однако сохранилась и шифротелеграмма Ленина в штаб Сибревкома: «Не распространяйте никаких вестей о Колчаке, не печатайте ровно ничего, а после занятия нами Иркутска пришлите строго официальную телеграмму с разъяснением, что местные власти до нашего прихода поступали так и так под влиянием угрозы Каппеля и опасности белогвардейских заговоров в Иркутске. Беретесь ли сделать архинадежно?» По всей видимости, эта телеграмма и была смертным приговором – в Иркутске намек Ленина поняли.
В ночь на 7 февраля в камеру верховного правителя зашел Самуил Гдальевич Чудновский (1889–1937) из семьи еврейских сапожников), возглавлявший чрезвычайную следственную комиссию, допрашивавшую А.В. Колчака, с конвоем. Он зачитал ему приказ о расстреле и надел наручники. «Значит, суда не будет?» – констатировал Колчак. Затем его вместе с В.Н. Пепеляевым вывели из тюрьмы на берег Ангары возле впадения в нее реки Ушаковки у Знаменского монастыря. Расстрельная команда сделала несколько залпов, после чего тела убитых были сброшены в прорубь. Было 5 часов утра. Тело адмирала так и не нашли. Правда, ходили слухи, что по весне его выловили зажиточные крестьяне и похоронили на территории Знаменского монастыря, но это всего лишь легенда.