Прибалтийские республики Литва, Латвия и Эстония только в июле 1940 г., после занятия их советскими войсками, вошли в состав СССР. На их территории проживало 510 000 православных, объединенных в 400 приходов (в Латвии 164, Эстонии 164 и Литве 72), имелось 6 монастырей. Но только Литовская Церковь, которой в 1924–1940 гг. управлял митрополит Елевферий (Богоявленский) оставалась к 1940 г. в юрисдикции Московской Патриархии. Эстонская же Православная Церковь в 1923 г., а Латвийская в 1936 г. были приняты в юрисдикцию Константинопольского патриарха. Так как это было сделано без канонического отпуска Московской Патриархии, последняя никогда не признавала законность данного акта. В августе 1940 г. Синод, а затем и глава Латвийской Церкви митрополит Августин (Петерсон) под давлением значительной части мирян и духовенства ходатайствовали о воссоединении с Русской Церковью. В том же месяце с подобным ходатайством обратился и глава Эстонской Церкви митрополит Александр (Паулус). В конце 1940 г. в Прибалтику в качестве полномочного представителя Патриархии выехал архиепископ Сергий (Воскресенский). Сначала главой православных приходов Латвии и Эстонии был назначен митрополит Елевферий, но 1 января 1941 г. он скончался, и новым митрополитом Литовским, а с 24 марта 1941 г. и экзархом всей Прибалтики стал архиеп. Сергий. 28 марта 1941 г. митрополиты Августин и Александр в кафедральном соборе Москвы публично принесли покаяния в грехе раскола и были приняты в литургическое общение
[682].Владыка Сергий не эвакуировался при приближении германских войск, а остался в Риге. Существуют самые различные версии, объясняющие этот поступок. Русский эмигрантский историк В.И. Алексеев полагал, что экзарх вследствие своих антикоммунистических убеждений накануне вступления немцев в город спрятался в подвале собора и не был найден там секретарем — приставленным к нему «агентом НКВД», позднее расстрелянным за эту неудачу
[683]. Согласно гораздо более аргументированному предположению профессора Д.В. Поспеловского, митрополит Сергий стремился подготовить почву Местоблюстителю и Московскому церковному управлению на случай, если немцы победят или, по крайней мере, захватят Москву, чтобы сохранить епископат в новых условиях, а также предотвратить юрисдикционный хаос [684]. Нельзя полностью сбрасывать со счетов и свидетельство Э.И. Лисавцева о том, что экзарх специально был оставлен органами НКВД в Риге, но почти сразу же на долгий период утратил связь с советским подпольем [685].Действительно, некоторые священнослужители Русской Церкви, оставшиеся на оккупированной территории, использовались советской разведкой. Так, один из ее руководителей, П.А. Судоплатов, совсем недавно писал: «Уместно отметить и роль разведки НКВД в противодействии сотрудничеству немецких властей с частью деятелей православной церкви на Псковщине и Украине. При содействии одного из лидеров в 30-х годах „обновленческой“ церкви житомирского епископа Ратмирова и блюстителя патриаршего престола митрополита Сергия нам удалось внедрить наших оперативных работников В.М. Иванова и И.И. Михеева в круги церковников, сотрудничавших с немцами на оккупированной территории. При этом Михеев успешно освоился в профессии священнослужителя». От него поступала информация в основном о «патриотическом настрое церковных кругов»
[686]. Возможно, и экзарх имел определенные контакты с советской разведкой. Во всяком случае, представляется вероятным, что он остался в Риге с санкции Патриаршего Местоблюстителя. Это подтверждается их близкими личными отношениями и обдуманным, энергичным характером действий митрополита Сергия (Воскресенского) в первые месяцы после начала оккупации.Ему сразу же пришлось столкнуться с серьезными проблемами. Вскоре после захвата Риги митрополит Августин (Петерсон) объявил прежний Синод действующим и 20 июля направил германским властям просьбу о разрешении восстановления автономной Латвийской Православной Церкви под юрисдикцией Константинопольского патриарха и выдворении из Латвии «большевистского ставленника», «агента ЧК», экзарха митрополита Сергия. Подобным образом события развивались и в Эстонии. 8 июля германские войска вошли в г. Печоры, а уже 17 июля настоятель местного эстонского православного прихода Петр Пякхель издал циркуляр, называя себя в нем благочинным Печорского округа, поставленным новыми гражданскими и военными властями и требуя прекратить на богослужениях поминовения экзарха и возносить только имя митрополита Таллинского Александра (Паулуса) с титулом всея Эстонии. После взятия немцами Таллина, 28 августа он ездил к митр. Александру и узаконил свое благочиние, а позднее был хиротонисан в сан епископа. Митрополит Таллинский 14 октября 1941 г. также объявил себя «ответственным главой Церкви»
[687].