Именно здесь, на юге Белоруссии, возник еще один конфликт. Архиепископ Полесский и Пинский Александр указом Патриаршего Местоблюстителя Сергия в мае 1941 г. был уволен на покой, но с приходом вермахта вновь вступил в управление епархией. После того Пинская и Брестская области, частично населенные украинцами, были переданы в состав рейхскомиссариата «Украина», архиепископ стал действовать совместно с украинскими националистами и в конечном итоге вместе с епископом Луцким и Ковельским Поликарпом явился основателем автокефальной Украинской Православной Церкви. При этом архиеп. Александр стал претендовать и на приходы Брестской области, которыми управлял оставшийся на территории оккупированной Белоруссии епископ Брестский Венедикт.
В сообщении СД от 10 сентября 1941 г. говорится о конфликте, возникшем в связи с попытками украинской стороны в Бресте использовать автокефальную церковь для украинизации других национальных групп. Согласно циркуляру митрополита Дионисия епископам Поликарпу и Александру, в Полесье должен был быть введен в богослужениях вместо церковнославянского украинский язык. Большая часть духовенства с этим не согласилась, желала остаться под управлением епископа Венедикта и опасалась, что вследствие новой пограничной линии Брестская область будет объединена с Луцкой епископией, и таким образом белорусское население будет подвергнуто украинизации. В сообщении отмечалось также, что из-за новой границы связи еп. Венедикта с брестскими священниками очень затруднены, а Луцкий епископ имеет здесь явное преимущество, но с обеих сторон предпринимаются попытки оказать влияние на духовенство и население через циркуляры и воззвания
[902].В последующие месяцы борьба развернулась еще более активно. Согласно сводке СД от 12 января 1942 г.
[903]епархиальное управление Полесья, возглавляемое архиепископом Александром, 17 ноября 1941 г. издало распоряжение священникам не поминать за богослужением митр. Пантелеймона и еп. Венедикта, так как они являлись коммунистическими агентами и за богослужением поминали дьявольское коммунистическое правительство. 25 февраля 1942 г. еп. Поликарп, назначенный митр. Дионисием «администратором Святой автокефальной Православной Церкви в освобожденных украинских землях», обратился с личным посланием к епископу Брестскому, извещая о назначении себя администратором и прося передать управляемые еп. Венедиктом приходы архиепископу Александру [904].Ответ владыки последовал только 2 апреля. К этому времени Архиерейский Собор Белорусской Церкви уже освободил еп. Венедикта от управления частью Брестской епархии, отошедшей к РКУ, и предоставил ему право передать свою каноническую юрисдикцию одному из украинских епископов по выбору духовенства. Однако кандидатура архиеп. Александра в ответном письме категорически отвергалась: «Враждебная позиция, занятая архиепископом Александром по отношению митрополита Пантелеймона и меня без предварительной переписки… а потом крайне неприличное и недостойное епископа старание опозорить наш сан и положение в глазах духовенства и даже немецкой власти, грубые обещания „стереть в порошок“ неподчиняющееся ему духовенство, окружение себя священниками, нами запрещенными… — все вместе взятое положительно оттолкнули от него духовенство и народ и вызывает в них нехорошее чувство против него. А поэтому, если бы я и захотел передать ему свои канонические права, то даже и меня не послушают и создастся раскол». Еп. Венедикт рекомендовал администратору подождать результатов выбора архиерея духовенством или назначить в Брест епископа Иоанна (Лавриненко), которого бесспорно примет паства
[905]. Последнее для Поликарпа было невозможно, так как еп. Иоанн принадлежал к автономной Украинской Церкви, входящей в состав Московской Патриархии и отвергавшей власть администратора. В итоге именно Иоанн и стал епископом Брестским.К моменту написания письма Поликарпу еп. Венедикт уже был архиепископом Белостокским и Гродненским. Эта епархия была непосредственно включена в состав Третьего рейха и подчинена управлению Э. Коха — гауляйтера Восточной Пруссии, на территории которой уже находились приходы Зарубежной русской церкви. Их объединение с белорусскими общинами было запрещено германскими ведомствами. В циркуляре РСХА от 16 августа 1941 г., подписанном Гейдрихом, указывалось: «О включении отходящих к Восточной Пруссии территорий в юрисдикцию архиепископа Берлинского и Германского Серафима не может быть и речи»
[906]. Первоначально по распоряжению митрополита Пантелеймона в Гродно было образовано отделение епархиального управления во главе с протоиереем Г. Боришкевичем, наделенным правами епископа [907].