Начало Второй мировой войны пробудило надежды части эмиграции на возможность падения советской власти, и эти надежды связывались прежде всего с пробуждением духовных сил собственного народа. В обращении митрополита Анастасия и представителей русских национальных организаций в Югославии к великому князю Владимиру Кирилловичу от 3 сентября 1939 г. говорилось: «Начавшаяся жестокая война может выдвинуть вопрос о судьбе русского народа, о судьбе нашей настрадавшейся Родины… Ход развертывающихся событий будет нас держать в наивысшем напряжении, и русская эмиграция за рубежом не имеет права не пользоваться могущим представиться случаем, чтобы подвигнуть дорогое нам русское национальное дело. Мы можем и должны рассчитывать на самих себя и на те народные силы „там“, которые сохранили в душах своих чувство любви ко всему родному и русскому»
[328]. При этом всякая возможность компромиссов с советской властью во имя решения исторических задач России категорически отвергалась. Власть коммунистов представлялась абсолютным злом, хуже которого быть уже не может. В другом своем обращении от сентября 1939 г. митр. Анастасий писал: «Да спасет только Господь нас от насилия этой власти, и тогда Россия обретет в себе силу, чтобы восстановить свое державное могущество и занять снова достойное ее место среди других народов мира. Преодолеть соблазн возрастающего большевизма и его мнимого служения историческим задачам России — значит совершить новый подвиг, к которому Бог призывает русский народ в эти грозные дни. Война есть огонь поедающий и очищающий в одно и то же время, и, быть может, самому большевизму, ставшему угрозой для всей Европы, суждено сгореть в этом пламени, который он так старательно разжигает ныне повсюду» [329]. С такими чаяниями, надеждой и самосознанием подошла русская правая церковная эмиграция к началу войны Германии с СССР.Вспыхнувшие в сентябре 1939 г. в Европе боевые действия не сразу отразились на деятельности Архиерейского Синода РПЦЗ, Югославия еще больше года оставалась нейтральным государством, однако постепенно появились трудности в связи с епархиями на территории воюющих стран. Митрополит Анастасий опасался более серьезных осложнений в ближайшем будущем и написал письмо протопресвитеру С. Орлову в Женеву, спрашивая его о возможности переноса церковного центра в Швейцарию, чтобы оказаться вне сражающихся сил. Это письмо было перехвачено гестапо, воспринявшим его с большим подозрением. 6–7 апреля 1941 г. Белград был подвергнут неожиданной ожесточенной бомбардировке. В эти же дни русские священники, в промежутках между налетами, самоотверженно ходили со Св. Дарами по городу, напутствуя раненых и совершая молебные пения по убежищам. Вблизи церкви Пресвятой Троицы упало 5 бомб, но в ней беспрерывно шла служба
[330].Через неделю в разгромленную столицу Югославии вошли части вермахта. Почти сразу же последовали репрессии против руководства Сербской Православной Церкви. Патриарх Гавриил и епископ Николай, сопровождавшие короля Петра вместе с отступавшими войсками до границы страны, были арестованы и заключены под охраной в один из монастырей вблизи Белграда. Русскую эмиграцию также затронули всевозможные стеснения и ограничения со стороны оккупационных властей. Глава русской колонии Е. Ковалевский был убит во время бомбардировки, а бывший посол России В. Штрандтман арестован. Его освободили через несколько дней благодаря заступничеству Архиерейского Синода, но от руководства делами эмиграции полностью отстранили. В карловацкой литературе упоминаются случаи спасения прихожан белградского храма от обысков гестапо благодаря чудотворной Курской иконе Знамения
[331].В первый же день нападения Германии на СССР — 22 июня 1941 г. был произведен обыск в покоях митрополита Анастасия. В гестапо митрополит имел репутацию англофила, и агенты искали прежде всего компрометирующую его в этом плане переписку. Одновременно были произведены тщательные обыски в канцелярии Архиерейского Синода и на квартире правителя дел синодальной канцелярии Г. Граббе. Последний был на 3–4 дня подвергнут домашнему аресту. Изъятые при обыске делопроизводство Синода и множество других документов были отправлены в Германию для изучения. В 1945 г. они достались советским войскам и сейчас находятся в Москве, в Государственном архиве Российской Федерации, составляя большой отдельный фонд, включающий 387 дел. Сведений о политической деятельности митрополита гестапо найти не удалось, и оно оставило его в покое. Прекращение его дела отчасти произошло под воздействием командующего германскими войсками в Сербии генерала Шредера
[332]. Военная администрация в Югославии, как и на оккупированных территориях СССР, старалась проводить по отношению к Русской Церкви более мягкую политику, чем другие ведомства.